Macでバイオインフォマティクス

■[ソフトウェア]wwwblastのインストール

1. WWW serverの起動

システム環境設定の共有でパーソナルWeb共有をOnにします。

他のコンピュータからのアクセスを制限するには、/etc/httpd/httpd.confを編集します。

<Directory />

Options FollowSymLinks

AllowOverride None

</Directory>

を、

<Directory />

Options FollowSymLinks

AllowOverride None

Order deny,allow

Deny from all

Allow from 127.0.0.1

</Directory>

と変更します。

2. wwwblastのインストール

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/からMacOSX用のバイナリーをダウンロードします。

/Library/WebServer/CGI-Executables に展開したファイルをフォルダ(blast)ごと入れます。

シンボリックリンクを作成しておきます。

% cd /Library/WebServer/Documents/

% ln -s ../CGI-Executables/blast blast

結果の図を書き込むディレクトリの所有者をwwwにします。

% cd /Library/WebServer/CGI-Executables/blast

% sudo chown www TmpGifs

blast.htmlを編集します。 ACTION="blast.cgi"と書かれている部分をACTION="/cgi-bin/blast/blast.cgi" と直します。

動作確認をしてみます。

Webブラウザでhttp://127.0.0.1/blast/を開き、一番上の「Regular BLAST without client-server support」を選び検索画面を表示します。

Program:blastp、Database:test_aa_dbを選びます。

FASTA形式で配列を入力し、Searchボタンを押すと検索結果が表示されます。

3. データベースの設定

blast用のデータベースを作ってあるので、dbの下にシンボリックリンクを作成します。

必要なデータベースの全ファイルのリンクを作成します。

% cd /Library/WebServer/CGI-Executables/blast/db

% ln -s /bio/blast/db/nr.phr nr.phr

以下省略。

blast.rcを編集します。

各プログラムで使うデータベースを指定します。

test_na_dbと書いてある行には塩基配列DBを、test_aa_dbと書いてある行にはアミノ酸配列DBをスペースを空けて追加します。ここに記述していないと、検索対象DBとなりません。

blast.htmlを編集します。

<option VALUE = "test_na_db"> test_na_db

と書いてある行の上に使うデータベースの指定を追加します。

<option VALUE = "nt"> nt

<option VALUE = "nr"> nr

以下省略。

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