MacTex2011ではjbibtexはpbibtexに名称変更されているようだ.
sudo ln -s /usr/texbin/pbibtex /usr/texbin/jbibtex
とするか,.emacsファイルのyatexコマンドを指定する部分にpbibtexを加える必要がある.
(setq tex-command "/usr/texbin/platex -kanji=euc" dvi2-command "open -a PictPrinter" bibtex-command "pbibtex -kanji=euc")