Hatena::ブログ(Diary)

Dr. MagicMusic940’s Diary

Mon, Jan 30, 2017

[]CFITSIOライブラリの再インストール 01:01

gfortranでcfitsioのサンプルプログラム cookbook.f がコンパイルできず途方に暮れていて、S氏に相談に乗ってもらった。MacPortsで両方ともインストールセットアップしたんだけど、それがよくなかったのでは?とのことで(この問題とは関係ないが、MacPortsでよくない思いをした人も少なくないとのこと)、手で入れ直すことにした。

ダウンロードフォルダにある最新版.tarダブルクリックで展開。

cfitsioフォルダごと/usr/local/の下に移動(/usr/local/cfitsio/を作成したのと同じ)

  $ cd cfitsio/

  $ ./configure

 :
 :
    Congratulations, Makefile update was successful.
    You may want to run "make" now.

  $ make

なんかwarningがぽつぽつ出てるが…

最後

ranlib: for architecture: i386 file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols
ranlib: for architecture: x86_64 file: libcfitsio.a(drvrgsiftp.o) has no symbols

と出て終わった

  $ make install
/bin/cp -a libcfitsio.a /usr/local/cfitsio/lib
/bin/cp fitsio.h fitsio2.h longnam.h drvrsmem.h /usr/local/cfitsio/include
/bin/cp cfitsio.pc /usr/local/cfitsio/lib/pkgconfig

ここに直接入れ直したことによって、ライブラリ本体 libcfitsio.a は/usr/local/cfitsio/lib、またその後のcpによって/usr/local/cfitsio/にも、置かれることになった。

[]gcc6のインストール(gfortranの更新) 01:25

ちなみに、上の作業より前に、gfortranはgcc5を抜いて最新のgcc6に入れ直していた。

一応、最新版がどれかを確認。

$ port search gcc6
gcc6 @6.3.0 (lang)
    The GNU compiler collection

mpich-devel-gcc6 @3.3a1_4 (science, parallel, net)
    Message Passing Interface (MPI) Library

mpich-gcc6 @3.2_4 (science, parallel, net)
    Message Passing Interface (MPI) Library

openmpi-devel-gcc6 @1.10.99_36914 (science, parallel, net)
    A High Performance Message Passing Library

openmpi-gcc6 @1.10.3 (science, parallel, net)
    A High Performance Message Passing Library

Found 5 ports.

多分最初のでいいのだろう

$ sudo ports uninstall gcc5
$ sudo ports install gcc6

後者は3時間くらいかかっていたので、もしこれも手で入れなおすことになったらどうしようかと思っていたが、以下のように解決したのでセーフ。

[]ライブラリが見えずコンパイルできないエラー 01:01

ld: symbol(s) not found for architecture x86_64
collect2: error: ld returned 1 exit status

エラーが出てコンパイルできない問題。ググってみると、ライブラリlibcfitsio.aのパスを-L/opt/local/lib/ などと指定してやれば解決するぜ、ってのばっかりなんだけど、これでは解決せず、途方に暮れていた。

解答はここにあった。

静的ライブラリ (.a) の作成と利用
http://www.yunabe.jp/docs/static_library.html

静的ライブラリリンクする場合は、引数で与える静的ファイルオブジェクトファイルの順序が重要になります。 基本的にはAがBに依存しているなら、AをBの前に引数で与えなくてはなりません。

知らんかった…まさか引数に順序があったなんて…orz

ということで、

$ gfortran-mp-6 -lm -L/opt/local/lib/ cookbook.f

とかやってたのを

$ gfortran-mp-6 -lm cookbook.f /usr/local/cfitsio/libcfitsio.a

とやったらスパッと通った!

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Thu, Jan 26, 2017

[]KH Coderトラブルシューティングログ 16:50

まずFrequently Asked Questions about KH Coderの指示

自身で茶筌をインストール・設定された場合には以下の2点をご確認下さい。

  1. まずChasen(茶筌)ですが、Chasenそのものを起動することは可能でしょうか。kh_coder.exeと同じ場所解凍されているWinCha.batを実行し、開いた画面で形態素解析品詞分解もどき)が可能かどうかご確認下さい。
  2. 次に、KH Coderの「プロジェクト」-> 「設定」部分でchasen.exeパス入力されていますでしょうか?「C:\khcoder\dep\chasen\chasen.exe」のように入力されている場合が多いと思いますが、最後の部分が「WinCha.exe」ではなく、「chasen.exe」となっていることを確認してください。

確認してみた。

簡単なのは2つ目なので、見てみると、パスは間違ってなかった。

次に茶筌だけを起動(つまりWinCha.batを起動)しようとしても

Component 'COMDLG32.OCX' or one of its dependencies not correctly registered: a file is missing or invalid

これの対応

KH Coder 掲示板

にあったので、模範解答通りにVB6ランタイムDLインストールした。以後このエラーは出なくなった。

茶筌は起動するのだが、いざ形態素解析をさせてみようとすると、うんともすんとも言わない。実質的に動かない。

error_log.txtを見てもいまいちピンとこない。

もう一つエラーメッセージがどこかのタイミングで出ていて、それは

ファイルを開けませんでした。

KH Coderを終了します。

C:\khcoder\dep\chasen\dic\grammar.cha

というもの

これに関していろいろ探してみると、こんなやりとりを発見

KH Coder 掲示板

また、エラーメッセージにあるファイル検索してみると、どうも、当該ファイルが、grammar.cha.0.tmpなるファイルに化けている様子。

なので、この回答が正解っぽい。やってみたら、ばっちり、解決

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Tue, Dec 06, 2016

[]「放射線被曝」に関する知識の受容 13:27

高名な宇宙物理学先生と酒席をご一緒することがあった。宴席の終盤になり、話題福島甲状腺癌の話になり、何だか雰囲気が悪くなりそうな流れになったので、僕はさらっと「まぁあれはスクリーニング効果って話になってますね」と話題を流そうとした。するとその先生は、

「まぁ、そう言ってるけどね、いやぁ、きっと何かあると思うんだよね」

もはや科学者言葉ではない。一時代を築いた大科学者をしてこの発言である

別の話だが、低線量被曝について、僕が「病気を引き起こすものの中でも、これほど『わかっている』ものもないんじゃないかというくらいいろいろな知見がある」*1(専門的な勉強を積んだ立場で)言っているのに、

「でも低線量被曝検証実験って無いんでしょ?じゃあわからないじゃん」

一点張り先生も見た。

つまり、放射線被曝というものは、科学の訓練を充分に積んだはずの先生方ですら「何が起こるかわからない」と思わせる存在である、ということだ。

これはもはや、放射線を人々がどのように受容、理解認識してきたのか、認識しているのか、の問題なのだろう。

*1:詳しくは『放射線被曝理科社会』を参照のこと。反原発の闘士みたいな研究者3人が、雁屋哲鼻血話などの「反原発デマ屋」が流すデマを一つ一つメッタ斬りしている本である

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Tue, Nov 22, 2016

[]本年度の大学祭マジックショーの出演記録 22:18

今年は部員新人ばっかりで、しかも初日OBさんたちが来ないという緊急事態だったので、出ずっぱりだった。疲れた

今年は毎正時から約30分間の公演を繰り返し、誰が出演するかシフトを組んで臨む、ということになった。

僕はどのステージで何をやったかはいちいち覚えてないけど、部員たちと演目がかぶらないように、「いつものネタのかなりを封印して、あまりやらないものや新しいレパートリーを中心に演じたので、逆にとても良い修練になった。

以下記録:

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Fri, Sep 30, 2016

[]KH Coderインストール(に伴うMacUIM, JDKインストール02:57

学術研究でも用いられ、しかフリー提供されているテキストマイニング/計量テキスト分析ツールとして有名なKH Coderをインストールすることにした。

本家サイトを見ると、Mac版も自力セットアップするならフリーだが面倒で、有料版の自動セットアップソフト提供されているとのこと。当然ながらお金で時間を買う選択を前提で、

http://khc.sourceforge.net/mac_com.html

を見ながらインストールする。

まず、指示通り、MacUIM をDLインスコする

指示通り、現時点で一番上に来てて"stable"の表示のある「MacUIM-0.6.16-1.dmg」をDLする。dmgマウントして中を見ると、pkgファイルが1つ、readmeが2つ入ってる。readmeを見ても特にインストール方法は書いてないので、単純に、pkgファイルを叩く…のでは「開発元が不明なので開けません」が出るので、右クリックで「このアプリケーションで開く>インストーラ.app

→指示通りにログアウト…だけどせっかくだから再起動El Capitanにしてからだったか日本語入力が「疲れて」くるとMBA全体の動作がどんどん重くなるので、時々リフレッシュ必要になった。どうにかしてもらいたいものだ。

将来的には英語もやってみる気はあるので、指示通りJDKDLインスコする。リンク先に飛ぶと、なにやら文句を言ってくる。「Javaオフにしてるからな」とのこと。勝手なことを…。仕方ないので、環境設定>セキュリティの中の、インターネットプラグインの「プラグイン設定」>左のカラムの「Java」にチェックを入れた。

指示通りに

http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html

のページに行く。すると8u101と8u102とがあって意味不明。ググってもいまいちよくわからないので、新しい方の8u102を入れた。

で、自動セットアップソフトを買うため、ページのちょっと上の項目に戻って「クレジットカード決済・コンビニ決済」のリンクをたどって

https://khcoder.stores.jp/items/536a53268a561084140001dd

に行く。どうもこのStores.jpというサービス登録必要らしい。何かイヤな感じがした根拠はない)ので、Facebookログインにしておいた。

落ちてきたzipファイル自動的に展開されてフォルダになってるので、それをホームディレクトリに置く(指示に従うと例にある通りここぐらいしかない)。で、フォルダ内のsetup.appを右クリック>開く。するとターミナル

You are ready to run kh_coder.app!

が表示され、インストール完了

その後、同梱のチュートリアルざっとさらってみた。極めて多機能で、勉強が追いつかない(^_^; 日本語入力ことえりじゃないので、ちょっと慣れが必要か。

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