放牧36日目-1「Pubchemの使い方を学ぶ-2」 - DBCLSお荷物研究員Go_with

120221 16:30~17:30
120222 08:30~12:00

　・XLogP
　　水とオクタノール中での分配係数。値が大きいほど疎水性度が高い
　　(=水とオクタノールを当量加えた溶液中にある物質を加えた時に
　　オクタノール側に溶ける量が多いほど疎水性度は高い)ということになります。
　　この値は-2~4まで適用できるというのが通例になっています。
　・水素由来以外の原子の数を数える、Heavy atom count search

　また、本ページではPubmedのアドバンスドサーチのように、いくつかの条件を
　指定することで、詳細な検索をLimit機能から行うことができます。
　　例えば、リピンスキーの法則を破らないような検索を行うこともできます(例)
　　・MW = from 0 to 500
　　・Hydrogen Bond Donor Count(HBD) = from 0 to 5
　　・Hydrogen Bond Acceptor Count(HBA) = form 0 to 10
　　・XLogP = below 5
　
　更に、このLimitではその化合物に含まれる原子名(ex : Ga)などを入れることで、
　目的の物質を探しだすなどのこともできます。

また、これらの検索の結果得られた画面の右側には
　Refine your results
という項目があり、
　・BioActivity Experiments
　　*BioAssays Probes
　　*BioAssays Active
　　*BioAssays Tested
　　*Protein 3D Structures
　　なお、上の*で示した3項目(w/o Protein 3D Structures)は
　　目的の化合物が発見された経緯を示します。
　　Protein 3D Structuresは化合物の結合状態について構造生物学的に
　　解かれている場合を示します。

　・BioMedical Annotation
　　*Pharmacological Actions
　　　診療上どのように利用されているか、National Library of Medicineの
　　　分類に従って、分けたもの。
　　*Biosystems
　　　生物学的なpathwayに含まれているかどうかでわけたもの
　
　・Depositor Category
　　*Biological Properties
　　*Chemical Vendors
　　*Journal Publishers
　　*NIH Molecular Libraries

3.PubChem BioAssay Database
　様々な化学物質が生物学的実験で使用された条件について調べることができます。
　検索方法としては
　・単語や文で検索
　　yeast cell cycle control　
　　→酵母でも効く抗癌剤として働く薬剤をpick up
　　HIV growth inhibition
　 → NCIに登録されているAIDSへの抗ウイルス剤をpick up
　
　・PubChemに登録されている生物学的実験の結果をダウンロードしたり検索
　　したりする
　　これにより目的がタンパク質なのか、核酸なのか、またはその両方なのか
　　を指定することができる。

　更に、ここでも得られた結果を詳細にする
　　Refine your results
　が存在します。