多次元の組換え
- 気づいたことのメモ
- 組換えを考えていて....
- 2ローカスのハプロタイプから出発して
- ローカス数を増やすことを考えていた
- 係数行列はこの方針でも計算できるだろう
- ただし２倍体、ハプロタイプの存在確率についてはそうはいかない
- 理由は各周辺分布をあたえても同時分布は決まらないから
- ただし逆は可能
- 決まらないなりに平衡（つまり独立）を仮定して、そこからのずれを相関係数などで評価するのだろう....
- なのでハプロタイプの同時分布を最初から仮定する
- 周辺分布より同時分布を仮定するほうが上のことを理由によい
- 現在のシーケンスやアレイのデータからは同時分布が得られる（？）のなら最初から仮定するのでよい
- 以上をまとめて
- 係数行列は多次元のarrayなどを使って導出する
- アレル頻度は同時分布を仮定する
２倍体の頻度もすぐに得られる
- 同時分布は....
はローカス1からローカスnにおけるアレルを表す確率変数
- 離散的なので密度関数を書くと
ということ
- 周辺分布はこんなふう
-
