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驚異のアニヲタ社会復帰への道

Prima Project

2018-07-17

レプリカ交換法

読んだ。

Bayesian estimation of phase response curves. Neural Netw. 2010 Aug;23(6):752-63.

 

Phase response curve (PRC) という神経細胞の発火の記録を推定したいが、周期のズレや発火タイミングの変化などで普通にやったら推定が収束しないらしい。

レプリカ交換法は現時点でRstan では実装されていないので、コードをコンパイルしたものを使いまわして各iteration の最終サンプリング結果から取り出してきてやる方法がある。

StanとRでレプリカ交換MCMC(parallel tempering) を実行する - StatModeling Memorandum

 

曲線の推定は2階差分としてなめらかになるようにしている。prior に z_{j-1}-2z_j + z_{j+1}=(z_{j-1}-z_j)-(z_j-z_{j+1}) とする。

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