Hatena::ブログ(Diary)

アセトアミノフェンの気ままな日常

2015-11-24

インタラクティブな分子模型をシェアする

久々に「化学と JavaScript」関連情報。海外のブログより。

Quick way to share interactive molecular structures and animations
The University of Copenhagen の Jan Jensen 氏 (@janhjensen) のブログ記事。

元ネタは @gyges01 さんのツイートで、これは「任意のファイルを JSmol で表示できるウェブサイト」を利用した SNS での分子模型シェアの試み。

@gyges01 さんの紹介を日本語にすると:

  1. 好きな場所に cml, smol, pdb など分子の立体模型を表すファイルをアップロードする(既に Web 上に置かれているならそれも流用可)
  2. ファイルの直ダウンロードリンクhttp://chemapps.stolaf.edu/jmol/jmol.php?source=リンク先 という書式で SNS で投稿
  3. すると、ブラウザ上で JSmol が起動して分子モデルが表示される。

これを画面上右クリックして出てくるメニューを使って interactive に操作し、もともとファイルに埋め込まれているアニメーション情報を起動するというもの。とりあえず GIF に変換したもの*1
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@janhjensen さんの試みは、JSmol Script を書いてたとえば .xyz ファイルに保存し、JSmol 起動と同時に自動で実行させるというもの。JSmol がスクリプトを解釈して一発で実行してくれるので便利。僕もやってみた。

GIF アニメに変換した結果。
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このブログでは便宜上 GIF アニメを表示したが、JSmol での表示のほうはインタラクティブに操作できるので楽しい。元記事には最初「DropBox のリンクではできない」と書いてあったのだが、できたよと Reply で教えたところ即取り入れられた。Copenhagen と Tokyo でも、そして面識はなくても、瞬時にやりとりできるのはやっぱり凄い。

追記 (2015-11-30):メインブログでは実際の量子化学計算から一連の作業を紹介。

*1QuickTime Player で「画面収録」したものを ffmpeg で GIF アニメに変換。ちょっと見づらかったので ImageMagick を使って数フレーム分削除。

2015-04-09

「PowerPoint に動画挿入」の謎

飯野先生が、以前のツイートで触れていた問題について解決したらしいという情報を得たPowerPoint 2010 では正常に再生できていた動画が、PowerPoint 2013 で再生できなくなった原因は「非圧縮の AVIファイルはダメで、JPG, PNG 圧縮した AVI は OK」だという結果。

えっ! そんなことあるの?

というわけで、検証しようと思っているが時間がなく、しかも手元に PowerPoint 2013 がないので検証できない。もう少し情報を集めたいところだが、なにしろ初めにテスト用動画を用意しないといけない。ffmpeg で作ろうか…と思ったら、ffmpegいわゆる WMV の書き出しに対応していないという情報が。ffmpeg についてはもう一つ、-i を入力ファイル名につけないと空ファイルで上書きされてしまって元ファイルが消滅するという問題も。気を付けよう…

後日ゆっくり調べてみる予定。

2015-02-20

3D プリンター(続き)

昨日の件、ソフトを無事インストールできた。さらに、ファームウェアを更新すると正常に動いた(なぜ新品なのにこれが必要なのか…)。

というわけで、いろいろな作品を作ってみた。結果は後ほど

2015-02-19

3D プリンター

昨日、ラボに 3D プリンターが届いた。スキャナもあるので、既存の .stl ファイルから 3D データを送信するほか、身近なものを複製することもできる。早速今日組み立てて、適当なものをスキャンして印刷してみようとしているが、いろいろとトラブル発生。

  • スキャンがうまくいかない!
  • 既存の .stl ファイルを変換するソフトについて、説明書には「サイトからダウンロードしてください(サイトは予告無く変更されることがあります)」と書かれていて、なかなか見つからない!(サイト変わり過ぎだろ…)

というわけで、いまだに何もできていない。明日におあずけかな…

2015-01-09

地理院地図 3D

早速使ってみた。

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適当な地域の範囲を表示した状態で右上の「機能」から地理院地図 3D にいけば

  • STL ファイル(グレースケール)
  • VRML ファイル(フルカラーのテクスチャ付)
  • WebGL 用ファイル(ブラウザでぐるぐる回す)

の3通りの形式でダウンロードできる。このうち MeshLab で開くことができるのが、STL と VRML である。そこで、今回は STL と VRML でダウンロードしてみた。

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以前メインブログに書いた記事

をもとに、3D モデルを PDF に埋め込むことを考えてみたが…

ただし、STL はカラーでないのであまり面白みがない。そこで、VRML をダウンロードして試してみる。MeshLab で表示することはできたが…

というわけで…

地理院地図の他にも、結晶構造を描画する VESTA や、分子模型表示の Jmol が VRML 出力に対応している。他の分野でもよく VRML は利用されているはずなので何か方法がありそうなものだが、今のところ見当たらない…