2012-05-22
サイトスケープでノードのサイズをファイルで指定する．
cytoscape, グラフの可視化, ネットっワーク, 可視化, ネットワーク可視化
サイトスケープでノードのサイズ（大きさ）をファイルで指定する．
参考にさせていただいたブログ
http://wiki.livedoor.jp/bioinformatics/d/Cytoscape/Tutorials/Introduction_to_Cytoscape
（２）File -> Import -> Attribute From Table で
アトリビュートファイルを入力（一行目の扱われ方に注意、一行目が列名の場合は，一列目が列名という入力オプションにする）
（３）VizMapper のOptionボタン（Current Visual Styleの横にある
工具と鉄板のアイコン）をクリック
（４）Create New visual style: Visual Style名をつける
（５）Visual Mapping BrowserのNode sizeをダブルクリック
（６）（２）と対応する名前を選択
（７）Mapping Typeを Continuous Mapping を指定
（８）これでＯＫ。
（９）できなければControl PanelのNetworkのタブを開き
ネットワークを選び右クリックApply visual styleで名前をつけたものを選ぶ．
<<
これでなんとなくなるはず．
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2012-05-21
色々な計算： 最大の連，符号の反転など
色々な計算：最大の連，符号の反転など
prob<-0 kkkk<-0 prob<-0 length1<-0 pvalue<-0 pp<-0 pp2<-0 pp3<-0 #7 for(i in 1:(2^7)){ digit<-7 prob123<-vector_prob((kkkb),decbin(i,digit=digit)) kkkk[i]<-paste(decbin(i,digit=digit),collapse=" ") length1[i]<-prob123[2] prob[i]<-prob123[1] pvalue[i]<-prob123[3] pp[i]<-sum(decbin(i,digit=digit)) pp2[i]<-length(macthing_vector(decbin(i,digit=digit),c(1,-1)))+length(macthing_vector(decbin(i,digit=digit),c(-1,1))) #pp3[i]<-length(macthing_vector(decbin(i,digit=digit),c(1,1)))+length(macthing_vector(decbin(i,digit=digit),c(-1,-1))) v<-decbin(i,digit=digit) q1<-macthing_vector(c(v,-v[length(v)]),c(1,-1)) q2<-macthing_vector(c(v,-v[length(v)]),c(-1,1)) pp3[i]<-max(diff(c(0,sort(c(q1,q2))))) #pp3[which(pp3==0)]<-digit if(length(c(q1,q2))==0){ pp3[i]<-digit } }
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2012-05-18
Rで連検定． 時系列が無作為か？ランダムか？の検定
連とは， 連続する+ or –の組．
例) +-+-+-+++--+++++-++-
右から+,-,+,-,+,-,+++,--,+++++,-,++,-
の１２個の連
連検定とは，
（１）連検定
連の数が無作為と比べて異なるか
をしらべる検定．（分布の検定にも使える）
無作為なら連の数の分布は,
平均と分散が時系列の長さに依存する
正規分布に従うことがしられる．
それより、連の数が有意に多いか？少ないかを調べる．
R では，runs.test
（現実検定ではランダムの長さが平均0標準偏差１に従うような規格化した連数のＺ値を使う）
連の数平均
2NaNb/(Na+Nb)+1
連の数分散
2NaNb(2NaNb-Na-Nb)/((Na+Nb)^2)/(Na+Nb)
runs.test(factor(x))
Z値とp値出力
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Rでベクトル内の連続するパタンの出現する位置を検索
Rでベクトル内のの連続するパタンの出現する位置を検索.
- 入力例：
#ベクトル
x<-c(1,2,3,3,3,3,2,3,3,3)
#パタン
patan<-c(3,3,3)
- 出力例:
macthing_vector(x,patan)
[1] 3 4 8
x<-c(1,2,3,3,3,3,2,3,3,3) patan<-c(3,3,3) macthing_vector<-function(x,patan){ patan_length<-length(patan) for(i in 1:patan_length){ if(i==1){ l<-which(x==patan[i]) }else{ z<-x[i:length(x)] l123<-which(z==patan[i]) l<-intersect(l,l123) } } l } macthing_vector(x,patan)
- 多体相関の計算への応用
patan<-c(1,-1,1,-1,1,-1,1,-1,1,-1,1,-1,1,-1,1,1) p<-macthing_vector(kkkb,patan)+length(patan) p<-p[1:(length(p)-length(patan))] (length(which(kkkb[p]==1))+0.0)/(length(kkkb[p])+0.0)
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2012-05-17
test
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officewo
http://d.hatena.ne.jp/kita_yuta/20100615/1276606183
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