エボデボで明らかとなった最初の衝撃は、動物がその形態の違いに拘らず皆、共通の遺伝子の発現を調節するマスター遺伝子（＝ツールキット）を持っているという事であった。
人間の体にある約２５０００種類のタンパク質をコードしているのは、ヒトDNAの約１．５％残りの約３％が調節遺伝子（＝遺伝子スイッチ）である。これらがいつ、どこで、どのくらい生成するかを決め形態を作り上げる。
カンブリア紀の葉脚類が備えていた単純な管状の歩脚が甲殻類では遊泳、歩行、呼吸などを効率よくこなす節のある肢に、水生昆虫では鰓に、陸生昆虫では翅に、クモでは書肺に変った。全て、古代の肢のデザインの変形であった。
手持ちのツールキットを使い回し発生過程を修正し、それによって得られた新しい形の利用方法を生み出した。（大きさ、形、個数を決めるホックス遺伝子のスイッチとなるDNA遺伝子配列変化によりホックス発現領域の相対的位置が変わる）
この事実は、進化の中間段階に対する疑問の答えとなる。
同じ器官が、同時に異なる機能をこなし、異なる器官が同時に同じ機能をこなすのである。
「相同器官」という概念がある。元々同じであった構造が種により様々に変更されているという意味である。
例えば、サンショウウオと恐竜とネズミの前脚とヒトの腕は元々同じ構造であった。何れも共通祖先の前肢から進化したものである。
「連続相同」という概念がある。反復された系列として起源し、動物ごとに異なる変更を遂げた関係にあるという意味である。
例えば、四足類の前肢と後肢、推骨とそれに付随した肋骨、節足動物の口器と触覚と歩脚である。
エボデボにより昆虫の翅の起源が明らかになりつつある。
翅を作るために必要なタンパク質が見つかった。それは、甲殻類の二肢型付属肢のうち外側についている鰓にあった。
つまり、これらは相同器官であり合理的説明がつくのである。このタンパク質は、元々昆虫の祖先にあたる水生甲殻類で呼吸用の葉状体づくりに使用されていた。なので、それが水生昆虫の翅にそのまま使われ続けた可能性が高い。そして、内側の翅は歩脚となったというものである。
水中生活する幼虫と空中生活する成虫は、全く別の生きものである。それが、一つのゲノムの中で起きている。その秘訣は発生プログラムが別となっている事である。
それは、摂食、遊泳、呼吸、歩行という多機能をこなす水生節足動物の付属肢を特殊化した器官に作り替えることで全く新しい生態系への進出と全く新しいデザインの確立を可能とした。
それでは、陸の翼はどうか。
それは、腕の鳥、指の翼翼竜、手の翼コウモリである。
ディスタルレス遺伝子は、節足動物の足を作る遺伝子である。ところが、蝶の翅では斑点を作る。何故か。それは、特定のタイミングでスイッチオンする事により新しい機能を獲得したのである。
二色以上が織り成すパターンを生み出すには、色素遺伝子の発現とそれを調節するスイッチが必要である。
ホモ・サピエンス属の脳の進化についての面白い仮説がある。突然変異による顎筋の縮小により頭骨への圧力を減少させ、その結果として頭蓋は薄く、大きくなれたというものである。それと同時に顎の繊細な動くも可能となり発話を可能とする上ではどうしても必要な進化であったというものである。
但し、一個の突然変異によって進化が飛躍的に起こる事はない。人類特有の特質は、何万世代あるいはそれ以上の時間をかけ沢山の遺伝子によって起こっているのは間違いない。
現生類人猿と袂を分かった人類進化の謎つまり、遺伝的差異特に、言語機能を司る脳についてもエボデボは明らかにしてくれるだろう。
ただ、重要な身体的進化の大半は、ホモ・サピエンスが起源する前に起こっている。
進化とは、遺伝子頻度の変化より発生様式の変革による形態の進化がより重要である。そしてそれは、オリジナルな無からの発明でなく既存の構造を遺伝子経由するという手近な材料のやりくりを自然はしている。それは、一番手頃な経路の選択であった。
読み応え満点の本であった。
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