興味深く思ったことを書いていこうと思う。何もかもつまらなく感じて辛くなることがあっても、今、面白いと思ったことは本当なので。その一方で、持病が悪い相にある時は、愚痴っぽいことを書いていることも多い。そんな恥をあえて晒している理由は、精神不調に書いた。
全角のシャープ(＃)は、もっと書くべき・要検討・あるいは直したいが、とりあえず公開してしまう場合につける目印である。本来＃がなくなってから公開すべきであるが、完成度100%を待っていると下書きが増えるばかりで、吐き出せるものも吐き出せなくなるので。特に、しばらくは、下書きに溜まった大量の原稿を処分することから始めたい。
学問・技術的な話については、twilog を発掘していただいたほうが良いかと。
→ 2023 年 4 月以降、Twilog が新規収集を停止したため、Twitter での発言をここに転載している(正直面倒)。
PC watch "【教えて VAIO】5 mm のスペースに知見を凝縮させる無線エンジニア。完全球状を目指す、知られざる Wi-Fi 設計の裏側"
ディスプレイ上部にアンテナを置くには、映像信号と一緒に高周波をヒンジに通す必要があって技術的に大変だが、本体側にアンテナを置くと、モニタに遮られたり、金属製の机の影響を受けやすくなるという。安い PC とは、こういうところで差が出そう。
なお 5 GHz 帯は屋外では原則利用禁止だが、5.6 GHz 帯については Dynamic Frequency Selection というのがあれば使えるらしい。「無線 LAN のコントローラ側で、衛星用の電波やレーダーが使われているかどうかを判断しています」というのがそれのことなのかなあ。でも、DFS があろうがなかろうが使えない、例えば 5.3 GHz 帯について、DFS 的な scan を行って屋外かどうかを判定しているとは思えないのだけれど……。
PC watch "東工大スパコン「TSUBAME4.0」稼働開始! Web ブラウザから利用可、創薬から LLM まで幅広く活用"
x86 + CUDA であり、富岳のような尖った構成と違って、使いやすい。スパコン自体がテーマじゃなくて、あくまで計算資源として使いたいだけの研究者にとっては、やはりこの方が嬉しいね。
環状ペプチド膜透過の MD 計算の例で、一本の計算では GPU を飽和できないから MPS を使うという話が出ているが、やはり H100 は AI 向けのチップなわけで、本来は AI 向け、HPC 向け etc で別々のノード構成にしたほうが、価格の面でも効率の面でも望ましいと思う。
初代 TSUBAME 1.0 は NVIDIA の GPU ではなく ClearSpeed CSX600 という今は潰れたイギリスの会社のアクセラレータを搭載していたことは知らなかった。TSUBAME 1.2 で Tesla S1070 に移行したようだ。
LLM 学習における並列化については「大規模モデルを支える分散並列学習のしくみ Part 1 」 にまとまっているが、残念ながら part 2 が出ていない。
INTERNET Watch "遺族にもよく分からない故人のサブスク、解約できないと永遠に請求が続くのか?"
民法 896 条により、一身専属でない場合は契約関係を相続してしまう。
Mixtral に続いて今度は Llama3 が出た。
関連ツイート: 1, 2, 3
午後、非常に眠かったせいか、帰宅時に間違えて一つ下の階のドアに鍵をつっこんでしまって、回らないので気づいた。やらかしたなあ。不審者だと思われただろうよorz
Composite map に対して精密化したモデルの是非を問うツイート を見た。
またこの話題か……。みんな好き勝手なことをしてグダグダだから、構造生物学からは距離を取りたいところなのだが、神がわざわざリンクを送ってきたのでコメントした。
まず、「実験構造として扱う」という質問が意味をなさない。ある程度は実験を反映しているし、ある程度は artifact を含むわけで、白黒つけるようなものではない。
この手の問題に対してはいろいろな流儀があり、構造をきちんとすることを第一目的と考える派閥と、生物学的な解釈ができれば十分と考える派閥との間でも考え方が違う。とりの考えとしては、TM 部分と G 蛋白質部分それぞれを focused refine し、別々の PDB と EMDB エントリとして登録するのが理想的。全体構造に意義がある場合は、全体を含む(やや低分解能の) consensus map に対して上の方法で作ったモデルを restraints 強めで精密化し、これを 3 つめの PDB/EMDB エントリとして登録するのも良いだろう。Composite map はつなぎ目などに artifact が生じうるし、必ずしも実際の粒子の状態を反映しないので、存在意義がないと考える。
そもそも、なんで生物学寄りの人は全体構造を登録したがるのか、とりには理解しかねる。リガンド結合部位とか TM/G interface とかの細かい議論は、分解能が高い focused map とそれに対して精密化した部分モデルに対して行うわけだから、それで十分だろう。一方 TM と G の角度にゆらぎがあるといった分子全体の議論なら、conformation dynamics の全貌に意味があるわけで、その中の一状態だけに対してわざわざ atomic model を作って精密化することに意味があるのか疑問。その上、実際には側鎖の位置まで見えているわけではないのに、focused map という consensus map とは異なる特定の状態(粒子集団)に対して精密化した原子モデルを置くことで、細部まで見えているかのような誤った印象を与える。
Flexible な全体構造について、低分解能でよいからドメインの位置関係に興味があるケースがあるのは理解できる。しかし、高分解能の情報がないし、構造にゆらぎがあるにも関わらず、一つの構造で代表させて、ろくに見えてもいない側鎖つきモデルとして登録するのは違和感がある。主鎖だけだがいろいろなコンフォメーションの ensemble として表現するとか、あるいはドメイン同士の角度分布のヒストグラムでも作ったほうがマシなのでは。
3.5 Å 以上くらいのデータ・5 Å くらいまでのデータ・それ未満の低分解能データ(例えば、7 Å のマップに AlphaFold2 のモデルを rigid body fit したようなもの)では、含まれる情報が違うので、表現方法も登録方法も検証方法も異なるべきだと思うだが、今は一括りなのがとりとしてはつらい。
いずれにせよ、こういう話をしても宗教戦争にしかならないし、科学の問題じゃなくて政治の問題なので、もう、とりは関わりたくない。十分傷ついたし。「自分の考えた最強の validation metric」を採用させようとゴリ押しする人が少なからずいるし、そういう下心がない善意の人であっても、上に書いたように目的意識は人それぞれ。とりは構造生物学からは撤退した。今は構造化学屋(低分子の MicroED)だ。
Mixtral-8x22B
先日、Command R+ というモデルが公開され、公開 LLM としてはかなり性能がよいとして話題だったが、それと同等以上の性能を少ないパラメータ数で実現した新 LLM が Apache license で公開された。すばらしい。
PC watch "Intel、世界最大規模のニューロモーフィック・システムを構築"
Spiking neural network のわりに 15 TOPS/W ってあまり高くない気がする。100 超えてるのもあるっぽいし。ただ、規模が大きくなると通信コストが増えて電力性能が下がるので、単純比較はできないかも。
PC watch "【最新版】1 万円台で買える格安 Android タブレット 5 選"
電子書籍・論文(PDF) ビューアとして使う場合、CPU 性能はそれほどいらないけど、画面の DPI は欲しいからなあ。なかなかいいのがない。
BBC "Is filtered water healthier than tap water?"
先進国なら浄水器は不要だろうと思っていたが、フルオロ化物や、浄水場から後の配管で混入する鉛などが水道水に含まれていることはありうるらしい。
CNN "‘I didn’t know it would cause such a stir’: Serena Williams reveals how catsuit became an iconic fashion moment"
Leggins といい、こういうぴったりした服装はたまに猛反発を食らうなあ。反対してる人は何が目的なんだろう。
PC watch ".NET Framework を Windows 95 にバックポートした強者現る"
強い。謎の NDPHLPR.VXD については "What ndphlpr.vxd does" で解析されている。
ちもろぐ "Samsung 990 EVO レビュー: 性能競争を降り、安心感だけを提供するメーカーに"
トップメーカというイメージがあったので意外だが、ストレージなので安心感は大事だし、こういう方向性もありだとは思う。
PC watch "改めて見る、「Raspberry Pi 5」の実力と使いどころ"
値段も上がっちゃったし、電子工作や組み込みにはいいだろうけど、VPN サーバとか Web 閲覧端末としては 2 万円くらいの x86 ミニ PC のほうがよさそう。ハードウェアエンコーダを辞めにしたというのも、組み込み用途的にはマイナスでは。
あと、「足元にある自作 PC が Skylake 世代で、いまだに不満を感じずに現役」と言ってる反面、Mac Book Air 2018 は Web ブラウジングで Javascript に重さを感じたと言っており謎。まあ、サーバ等として使うならマルチスレッド性能があればいいけど、Web ブラウジングにおいてはシングルスレッド性能で体感速度が変わる面があるからなあ。
PC watch "PC やスマホで使われなくても、実は「金城湯池」が完成していた RISC-V"
FPGA 用 MCU (Micro-Controller Unit) 分野で ARM を置換しつつあるとのこと。
今日は長袖 T シャツに薄いカッターを羽織っていったんだけど、帰りにスーパーに寄るために急ぎ足で歩いたら、すっかり汗をかいてしまった。
「声優ラジオのウラオモテ」1 話を見た。
うーん、自分が声優ラジオという文化を知らないからかもしれないけど、ちょっと取っ付きにくかった。声優百合モノだと、カクヨムの「ふつおたはいりません!」が素晴らしすぎるからなあ。
「アストロノオト」2 話を見た。
1 話の面白さがきちんと継続できている。
生協で隣にいた外国人女性二人が、典型的な Valleyspeak (カリフォルニア女子英語) で興味深く、つい like の数を数えてしまった。上でリンクした Wikipedia では、文末の上昇、like を引用の目的で使う、like を間投詞として使う、vocal fry などの特徴を挙げている。でも、literally はあまり言ってなかったな。
CNN "Iran’s attack seemed planned to minimize casualties while maximizing spectacle"
事前通告をきちんとやるとか、元々失敗前提の示威行動だったという分析。イランの攻撃がほとんど迎撃されてるのを見て、イランがヘボいのか、イスラエルの防空システムがすごいのか、なぜウクライナにはロシアのミサイルが当たりまくるのか疑問だったが、そういうことなら納得。
ASCII "ロードマップでわかる! 当世プロセッサー事情 第 767 回 Lunar Lake は Windows 12 の要件である 40 TOPS を超える NPU 性能 インテル CPU ロードマップ"
現状市場にある PC では条件を満たすものが存在しない 40 TOPS の NPU 性能を要求して、Windows 12 は何をするつもりなんだ……。というか、Copilot とかを使わない人にまでそういう性能を要求して、古いマシンを切り捨てるのやめてほしい。
PC watch "大学で広がる「BYOD」の波! 学校は生徒にどんな PC を持ってこいと言っているのか? スペックを調べてみました"
履修登録とかレポート提出に PC が必要というのは分かるけど、毎日持って来させる必要あるのかな。CAD とか専用のソフトを使う実習については、いくら OS やスペックを指定したところで幅のある個人デバイスよりも、大学の端末室のほうが確実だと思う。
BBC "Sweden has long opposed nuclear weapons – but it once tried to build them"
第二次大戦後にスウェーデンは核兵器開発に着手したが中止したという話。
PC watch "8 番出口作者「モンダミンの Web CM とはコラボしていない」"
確かにパロディの許可は出したが、コラボではないにも関わらずコラボと表記されてしまったとのこと。
今日も好天。風呂場の排水溝や洗面器の裏のぬるぬるをある程度掃除した。といっても、古い歯ブラシでこするというレベルまではやっていない。
今年始めてアイスクリームを食べた。
ガジュアル面接だと思ったらガチだったという話
とりも海外のラボに応募しようかなと思って、とりあえずどういうテーマがあるのかとか自分の研究上の興味とマッチするのかを尋ねようと informal なつもりで Skype (当時は Zoom はなかった)したら、ガチ面接で、当該分野の知識とか研究計画とかいろいろ口頭試問されたことがある。その時点では研究計画なんて練り上げていなかったので結構残念な回答をしてしまって凹んだんだけど、無事 offer をもらった。
カクヨムで「かませ役♂に憑依転生した俺は TS を諦めない」 を最新話まで読んだ。
TS 願望・漫画世界への転生・学園都市・異能力バトル・勘違いなど、個々の要素は既視感があるものばかりだが、それらを高いレベルで組み合わせており、とても良かった。伏線もいろいろ張られていて、今後の展開も楽しみ。
ただ、3 章でちょっと雰囲気が変わってもっさりした印象がある。4 章からはどういう路線になるのかな。
Science "Gates foundation places bold bet on preprints"
preprint を義務付けるが、Open Access 雑誌掲載時の APC は負担しないという方針。まあ、最近は法外な APC をふっかけて予算を搾り取る雑誌が増えているからねえ。
とりは正直なところ、peer-review の重要性をあまり感じない。Peer review で reject されたら、もっとレベルの低い雑誌へと移っていって、結局どこかに載る場合がほとんどなのだから、peer-review によって信頼性が担保されているとは感じない。それに実験系の分野では、peer review で検証できることはたかが知れている。そして、その程度のことなら、論文を有効活用できるレベルの研究者なら、読んで自分で気づくはずだ。
Nature "Journal editors are resigning en masse: what do these group exits achieve?"
上と関連した話題。商業出版の雑誌はやめて、研究者自らが雑誌を運営すべきというのは理にかなっている。
Sciencce "Edible electronics to treat the brain"
腸管の内側を電気刺激することで、摂食障害などを治療しようというアイデア。興味深いが、腸管の神経叢ならともかく、"brain" に対して特異的な刺激ができるのか疑問。
「ささやくように恋を唄う」1 話を見た。 バンドのボーカルに一目惚れするという少女漫画のテンプレを百合にするだけでここまで新鮮味と清涼感が出るのかと感心した。といっても、少女漫画はほとんど見ないから、テンプレというのが偏見かもしれないけど。
「花野井くんと恋の病」1 話を見た。
「恋が分からない」とか言ってたヒロインがあっさり恋に目覚めちゃうのは、とりの好みじゃなかった。Asexual の話じゃないのか。一応 2 話も見てみるけど。
「夜のクラゲは泳げない」1 話を見た。
青春群像劇というジャンルはあまり好きでないので見ないつもりだったが、動画工房なので一応見てみたら、かなり良かった。冒頭の妹との会話のシーン一つとっても、セリフ回しも演出もいい。1 話なので釣り的なお色気も入れてくるわけだが、下品になっていない。ああいうおとなしそうな JK が深夜に出歩いてるのはファンタジーだとしても、渋谷怖いなと思った。
「オーイ! とんぼ」1 話を見た。
ゴルフのことは用語どころかルールすらよく知らないが、素朴な離島の雰囲気と、ヒロインの無邪気さが爽快で良かった。
原作、何巻も出てるんだな。アニメは冒頭しかやらないだろうが、スポーツものは、主人公が見出され頭角を現していく冒頭が旬だと思っているから、それでいい。この作品はどうだか知らないが、多くの作品は、後半になるとライバルキャラの掘り下げが始まり、一試合に何話も使うようになってテンポが悪くなる。弱虫ペダルとか。
