しがない「げのまー」の・・・。

■[perl][mac] ImageMagick / PerlMagick

七割方あきらめてたが、

どうせ、PerlMagick は付いてないだろうけど、いちおう ImageMagick の pkg の中身も確認してみるか。

と思い、ここの panther 用の pkg をダウンロード。imagemagick-6.1.7.pkg/Contents/Resources/imagemagick-6.1.7.info に以下の記述がありました。

The ImageMagick image manipulation tools. This package only works on Mac OS X Panther and does not include the GUI tools like "display", only the command line utilities. It also includes the PerlMagick Perl modules.

ver. も最新版より 0.02 違うだけなのでまあいいか。てんで、pkg を素直にインストール。コマンド群は /usr/local/bin に、PerlMagick は /Library/Perl/5.8.1/darwin-thread-multi-2level/ にインストールされました（ libMagick は /usr/local/lib に・・）。

orz. 一番最初に見に行ったページだったのに。

ちなみに PerlMagick の使用法に関しては下記 URL が参考になる。

• ImageMagickの使用

上記 URL の「画像に文字を記入する」部分は、『 Font はフルパスで指定。』という事を覚えておけばよけいなトラブルは避けられる。なお、font 名にスペースが入ってる場合の \ によるエスケープは必要ない（というか入れたらトラブった）。UTF-8 への変換は現在だったら encode でやるだろう。

■[hoge] 検索エンジン開発者各位。

っつーか、google 様。「ネタの新鮮度」でソートって出来ませんか？

「検索条件」そのものを、「最近の日付から何ヶ月」ってしぼる事は出来る様だけど検索自体に絞り込みはしたくなくて、検索結果を最近の日付から順番に表示したいんです。っていうのも、UNIX 系のコマンド使用方法とか検索かけると数年前のデータが出てくるとかってありがたくない。今回の ImageMagick に関しても、「 Jaguar では平気」みたいな事書かれても「 Panther 」では何の参考にもならんわけですよ。で、 hit 数なんかに関係なく、「一番最近検索条件について話題したとこ」を読みたくなる事は多々ある訳で・・・。

「 Google Hack 嫁」で終わりそうな気するが。

■[hoge] そば

「 mac に ImageMagick と PerlMagick を入れなきゃ。」

ってんで、調べて入れようとしてみた物のどうも巧く行かない*1。どうも、いろいろトラブルがありそうだし・・・。「GD にしようか？」とも思ったがこっちはこっちで・・・。こっちの方は、インストール経験者が周りにいるため、入れるのは出来るだろうけど。で、「 ruby の graphic 関係は？」と思って探したものの、こちらの王道が分からない。なんか、ruby にありがちな「放置」ライブラリをインストールするのも嫌だし。

web をさまよってコマンドラインをたたいて数時間。たどり着いたのが、全然無関係な

• そば - リアルタイム HTML エディタ *2

おもしろい。タグ打ちをしなきゃなんない人にとっては重宝するか？欲を言えば、3 カラムくらいにして、「ソース編集ウインドウ（現行の左フレーム）」と「 『wiki or RD タイプの編集モード』ウインドウ」をつけてくれたら。<= って JavaScript ベースで wiki or RD まで要求すんの？オレ。

ちなみに私はシイラにてアクセス。

■[hoge] 先週金曜日

夕食（外食）にて、珍しくビール一瓶空ける。断っておくがこのときは同僚の車で彼が運転。もちろん、彼は一滴も飲んでない。その後、会社にて酒が抜けたと感じるまで（ 3 時間ほど）仕事をし、車で帰宅途中・・・。珍しく、飲酒運転の検問！！

警察：はい、息を吐いてください。

酒は抜けてるとは思ったがやっぱりドキドキ。

またまた食傷気味だ。

■[perl] Inline::C

mac へインストール。

$ sudo -MCPAN -e shell
cpan> install Inline
cpan> exit

この際、「 Inline C を入れますか？」という質問がくるが、もちろん yes 。

sol へのインストール。

Inline は Digest::MD5 と Parse::RecDescent に依存。

1. 当環境下では、Parse::RecDescent は既に入ってたので、Digest::MD5 と Inline の最新版をダウンロード。
2. sol で双方展開。双方展開されたディレクトリの中に入り、以下のコマンドを打つ。

$ perl Makefile.PL LIB=~/lib
$ make
$ make install

この際、「 Inline C を入れま（略。

サンプルコード。

#!/usr/local/bin/perl -w
use Inline C ;
use Data::Dumper ;
print Dumper &hoge("TTTTTCCCCCCCCAAAAAAAAAAAAAA",
                   "TTTGGAGCGGGATGCCAAGAAGG") ;

#  ここまで、perl のコード。
#  サブルーチンとして hoge を呼び出す。
__END__
__C__

/* ここからが C のコード。上 2 行はお約束。 *
*  hoge を定義している。                    */
void
hoge(char* input1, char* input2){
    Inline_Stack_Vars;
    Inline_Stack_Reset;

    Inline_Stack_Push(sv_2mortal(newSVpv(input1, 0)));
    Inline_Stack_Push(sv_2mortal(newSVpv(input2, 0)));
    Inline_Stack_Done;
}

memo

• 配列を使う時。

newSVpv -> 可変長 string, 第二引数に 0 を与えると勝手にサイズ計算。
newSVnv -> 倍精度実数
newSViv -> 整数

で、sv_2mortal はお約束。h2xs の時も共通。

h2xs の時、xs 独自の部分として覚えなきゃ行けないのは、やり方によるが XPUSHs （スカラー型変数を返す）で、普通の push みたいに perl に渡したい変数を入れてけばいい。それ以外は return を意識しないでいい。Inline では違って 上の例での 4 つの文が不可欠。逆にお約束として覚えとけばいいのか。

    Inline_Stack_Vars;
    Inline_Stack_Reset;
    int i ;
    for ( i = 0 ; i < 10 ; i++){
        Inline_Stack_Push(sv_2mortal(newSViv(i)));
    }
    Inline_Stack_Done;

• で、perl 側では意識せずにサブルーチンとして呼び出す。
• 最初にコンパイルされて _Inline ってディレクトリが出来るけど、その後は高速。
• Inline::Rubyてのもあって、試そうかと思ったけど CPAN 経由ではこけるし Makefile 経由ではトラブル起こすため試してない。ruby のモジュールをほぼそのまま perl で使える雰囲気なので面白そうだとは思うが。

■[hoge] books

• The R Book
• 初めてのPython

が届く。今オレに必要なのはこっちなんだが。Python の方はまだしも R は・・・。

こちらは旧版を持っているが、

• Perlクックブック 第2版

vol 1 & 2 も来た。常用する事になるだろう。

■[perl] メモ

• perl と OS が複数あり、どちらで動かされるか分からない場合は ver. の低い環境で h2xs から make install までした方が無難。sol のマルチ環境とか。
• 超巨大ファイルにカマした join "", <> ; はコケる事あり。どうやら OS 依存（ perl の ver. 依存ではなさそう）。その場合、素直に while(<>){ } する事。しかし、パフォーマンスが劇的に低下。只でさえ遅いマシンだっつーのに。
• perl の print "hoge ${var}hoge\n" ; の ${var} 。知らなかった orz 。

■[hoge]

今、ウチの会社では perl の勉強真っ盛り。他人が自分のいつか来た道を歩んでいるのを見ると、こそばゆいやら歯痒いやら。まあ、最近のオレと " C " の関係みたいなもんか。しかし、なんでググって勉強しようという発想が無いのだろう？

数人は、

• 一週間でマスターする Perl for Windows

の Mac 版というのがあって、それを読んでるのだが*1・・・。え〜と、何が悲しくて OS X でわざわざ classic 環境の MacPerl を題材に本作ってんだかな。OS 9 な人のためにそうしたんだろうけど、読んでる初心者混乱しまくり。ちなみに 2002 年の本。

・・・いや、「買う方がワリイ」と言う説はごもっとも。

■[perl] ・・・

• swig
• Inline - 他のプログラミング言語でPerlのサブルーチンを作成する。
• 実用 Perlプログラミング

昨日に引き続き。昨日の h2xs でも実用 perlプログラミングを参考にしたが、h2xs に関しては、サンプルプログラムがエラーするし、swig についてはなんかしょっぱなから出力されるファイル数等に違いがあり・・・。プログラムのエラーは、環境依存の部分も大きいとは思うが。1998 年の本だからなあ。

perl では、Inline.pm が便利そうだが ruby に関しては swig を使うしか無いのか？

■[hoge] やっつけ仕事

のため、ruby でコーディング。へへんだ。

■[mac] 同僚経由。

<html>
<title>man page </title>
<body>
<A HREF="x-man-page://ls">man ls</A>
<P>
<A HREF="ssh://SERVER">ssh SERVER</A>
</body>
</html>

SERVER の所は適宜自分の環境下に合わせて・・・。

へ〜〜〜。・・・・使い道考えつかねえ。

■[ruby] amatch / 0.1.3

Cortel さんのご紹介があったので。String::Approx の ruby 版。

何が出来るか？

曖昧なマッチング

インストール。

solaris へのインストールは ruby の version 違いによるエラーが出るため止め*1。

1. ここからソース。
2. 展開。cd 。

$ ruby install.rb config
#  config 時点で --prefix=$HOME 指定すれば、$HOME/lib/ruby/1.8
#  へのインストールが可能。ruby install.rb --help すること。
$ ruby install.rb setup
$ sudo ruby install.rb install

例。

昨日と同じく、20 base の primer があったとして・・・・。

#!/usr/local/bin/ruby
require 'amatch'

prim = ARGV[1] 
prim.chomp!

pwd = Dir.pwd 
if FileTest.exist?(pwd + '/' + ARGV[0] )
    data = File.read(pwd + '/' + ARGV[0] )
    data.sub!(/>.*?\n/, '').gsub!(/\n/, "")

    len = data.size -  prim.size
    m = Amatch.new(prim)
    (0..len).each{|x|

        q = data[x, prim.size]
        if m.match(q) < 6
            puts x  
            puts q  
        end     

    }
end

これを第一引数に BAC ファイル, 第二引数に primer 配列を与えて動かすと・・・。

$ time ruby hoge.rb BACFILE ATATATATATATATA
：
：
ruby ・・・  5.61s user 0.06s system 100% cpu 5.670 total

■[command][perl] h2xs / Pcheck

・・・・で、無謀にも「自分で（早いのを）作るしか無いか。」と考えてたどり着いたのが、

perl の外部モジュールを C で書く*2！！

車輪の再発明だろうとなんだろうと、勉強になれば。という事で挑戦。

ちょっとググれば、「 h2xs 」というコマンドがある事が分かった。

• Perlモジュールの作り方 （C言語編）

その後に、swig というコマンドがある事も知ったが、h2xs は OS X にも /usr/bin/h2xs として入っていたため h2xs をもとに検討。

途中経過は大幅に省略して、一応動く物が出来上がったため晒す。

まにふぇすと

perl の外部モジュール Pcheck::check_seqとして

• BACs レベルの塩基配列（A）を短い塩基配列（B）でスキャンし、塩基配列の出現順が同じ物を 1 と数え score 化。20 塩基の primer が一塩基違いではっつく場合は 19 になる。
• ただし、「塩基違いの位置情報」は返ってこない。
• perl 側には、score の配列が返ってくる。ていうか、hash の還し方が分からない（しくしく）。

インストール方法。

ここでは、sol の $HOME/lib に・・・。

$ h2xs -A -n Pcheck
$ cd Pcheck
#  下のソースを Pcheck.xs という名前で入れ替え。
$ perl Makefile.PL LIB=~/lib
$ make
$ make install

万が一、/usr/local にインストールしたい無謀な人がいたら、Makefile.PL の LIB 指定を行わず、最後の make install を sudo ですればいいはず。

一応、G4 500GHz でのインストールは出来た。

例。

#!/usr/local/bin/perl
require Pcheck ;
# $a  A の塩基配列。改行なし、大文字。
# $b  B primer の塩基配列。改行なし大文字。

@str = &Pcheck::check_seq($a, $b ) ;

こんな感じで、書いたのを実行すると 1.026 秒・・・。ただし、一方行のみ。

ソース。

例のごとくエラー処理何もなし。

#include "EXTERN.h"
#include "perl.h"
#include "XSUB.h"
#include <string.h>

MODULE = Pcheck		PACKAGE = Pcheck

void
check_seq(input1, input2)
    char* input1;
    char* input2;
    PPCODE:
        int i;
        int p;
        int len_seq;
        int len_prim;
        int score;

        len_seq  = strlen(input1);
        len_prim = strlen(input2);

        for(i = 0 ; i < len_seq - len_prim  + 1; i++ ){
            score = 0 ;
            for( p = 0 ; p <  len_prim ; p++ ){
                if ( input1[i + p] == input2[p] ){
                    score++ ;
                }
            }
            XPUSHs(sv_2mortal(newSVnv(score)));
        }

[1/20 訂正] 前のでも動作自体はするのだが・・・。

for(i = 0 ; i < len_seq ; i++ ){
↓
for(i = 0 ; i < len_seq - len_prim  + 1; i++ ){

問題点。

• 数値の文字列への変換が判らない。C 本来。
• ハッシュの返し方が分からない。XS language として？ アレ？二次元配列は返せるのかなあ？
• rev /com もチェックして出力する形の方がいいのは承知なんだが・・・。
• 一塩基飛ばしとかに対応してない。必要に応じて拡張しなきゃ、オレ。

■[perl] String::Approx

ご存知「曖昧なマッチング」を実現するための perl module 。

遅い！！

という、一昔前の評判を鵜呑みにして今まで使ってなかった。

何ができるか？

って曖昧なマッチングです。配列比較の時、blast を呼ぶまでもない場合にいいかと思い試してみる事に・・・。

mac へのインストール。

CPAN から

$ sudo perl -MCPAN -e shell
cpan> i /String::Approx/
cpan> install J/JH/JHI/String-Approx-3.24.tar.gz
cpan> exit

sol / $HOME/lib へのインストール。

sol の perl は 5.6.0

1. ここからソースを取ってくる。
2. sol の $HOME にて展開。cd 。

$ perl Makefile.PL LIB=~/lib
$ make
$ make test
$ make install

$HOME/lib へのインスト−ルの王道。AppConfig もこれで*1。

例。

20 base の primer があったとして、それが 150 Kb の BAC 内に何カ所張るか知りたい場合。

#!/usr/local/bin/perl
use String::Approx qw(amatch) ;

#  ごにょごにょメインの処理があって。
sub check_approx{
    my $fasta = shift ;    #  150 Kb seq. 改行なし。
    my $prim  = shift ;    #  primer 配列。
    my $len_fas  = length $fasta ;
    my $len_pri  = length $prim ;
    my $len = $len_fas - $len_pri ;
    my @list = () ;

    for ( my $i = 0  ; $i  <= $len ;  ++$i ){
        push @list, unpack("x$i A$len_pri", $fasta ) ;
        #  primer と同じ長さの部分塩基配列を 150 Kb に渡って作成。
    }
    my @match = amatch( $prim, @list ) ;
    #  これが、String::Approx のマッチング。デフォルトで 10 % 違いまで
    #  見る（この場合だと 4 塩基違い）そうなので、そのまま・・・。

    foreach ( @match ){
        print $_, "\n" ;   #   お好きな処理を・・・。
    }
}

てな感じか？

結論。

早いと言えば早いんだけど、1000 BACs とか相手にしたら・・・。ちなみに 150 Kb スキャンした場合、G4 500MHz では、4.12 sec 。primer レベルではなく違う用途向き。

■[hoge] 樋口一葉。

初めて手にした。2 ヶ月も出会わなかったなんて・・・。

ちなみに、下妻物語を買ったときのオツリ。前回のは友人のを借りてみたんだけどもう一回見たくなった訳で。

■[hoge] 頼むから、

オレのこのサイトにしか存在しない造語でググるのはハズいのでやめて〜〜〜。＞ 誰となく。

■[mac] 新製品。

もうとっくにお祭り状態ですが、ご多分に漏れず感想を。

• Mac mini

外付けモニタを持っている windows user 用。と思いきや、ウチの会社での評判は高い（あくまでも、ファーストインプレッション）。「会社の mac 入れ替えようか？」とまで言い出す始末。

私が注目したいのは、「重さ」。サイトで見れば分かる通り、本体が 1.32 kg です。モニタなしのモバイル（矛盾ある表現）としていいんじゃないの？　モニタとキーボードさえあればいい訳だから、本体をさくっと持ち歩いて、キーボードはこれにして。

う〜ん、アホだな。iBook でいいじゃん。

あ、あと「ファイルサーバー」ってのもいいかも。ちょっともったいないけど。立ち上げのときだけ、モニタくっつけて、VNC 放り込んで普段は VNC で操作。この mac の形からして grid したくなるんだけど、Fibre Channel PCI カードは刺さらないっぽいからなあ。

G4 cube の様にはならないでね。

• iPod shuffle

iPod mini を買ったばっかだけど欲しいなあ。シャッフル再生にはあんまり魅力感じないけど*1。ちなみにこちらの評判は非常に高く購入につながりそうな人も多数。・・・だけど、君たち忘れてない？ OS 9 も windows 98 も対応してないんだよ？

iWork'05 とiLife'05 も発売になったけど、あんま興味なし。

■[hoge] パチンコ屋の広告に

あるパチンコ屋の広告に「マックに興味ある方求む。」と書かれてあった。ついつい、やじうま根性をだして店員に聞いてみる（足を運んだ。）と、仕事内容は「新聞広告とか、店内のポスターの作成とかですよ。ウチはマックを使って作ってるんです。時給は安いけど。」とのこと。

パチンコ屋の広告って、どっか外のところに依頼してるもんだと思ってたんだけど、バイト君が作成してるところもあるのね・・・。という事で、I 県のマックに興味がある学生諸君。「マックに触れて、デザインの勉強もできて（？）、お金がもらえる。」バイトはいかが？

■[bio] reminder

• virtual PCR

・・・。e-PCR にしろデータベースの自由度が低いんだよな。もちょっと探すか、車輪の再発明するか。なんかのパッケージの中にありそうな気もするが。

■[hoge] 体調不良

三連休の後、風邪をひき 2 日間引きこもり。良くなって今日は出社したが晩飯の後、腰痛の気配が・・・。ヤバいなあ、腰痛が出るのは非常にマズいんだけど・・・。

■[DVD]年末年始に見た DVD

• 下妻物語

12/30

内容は、ぶっちゃけ「女の子同士の友情物語」で、一番苦手なジャンル。てんで見てなかったが思いのほか面白かった。私が肌で知ってる風景がスクリーンに広がり、そこで、とびっきりのネタが展開。ヤンキー役の女の子（名前忘れた）の壊れっぷりが見事で、全ての演技が映画にハマっていて、深田演じる桃子に対抗している。深田の演技は天然にしか見えないが、この人の外の演技を見た事が無いので分からない。この二人のキャストがミスってたら、全然つまらない映画になっていたんじゃなかろうか。5 点中 4.5 。

• ハリー・ポッターとアズカバンの囚人

1/1

原作を読んでないためアレだが・・・。映画的な盛り上げの出来にくい状況（ボスキャラとかがいなさげ）での結果としては見事だと思う。単発映画としてみた場合は、「意味不明のキャラが意味不明な原因にて意味不明に去っていく（ある教師）。」とか不親切で切っちゃってもよかったんじゃないの？　って感じがする部分もある（原作では再登場するのかな？）。ネタもタイムマシンネタだし。そういう意味では、1, 2 の方が上か？ 5 点中 3.0 点。

[1/13追記]　1, 2 を見直したが、話的に 2 が一番面白いか。2, 3 の原作を購入し読んでる最中。

■[hoge]その他の年末年始の行動。

12/31

田舎へ帰省。朝早く出たため、東京からは雪が降る前に脱出できたが、名古屋辺りから雪のため電車に遅れ。結局 1 時間遅れで田舎に帰り着く。珍しく姉貴も帰省。

姉が戻ってくるまでの間、親父に捕まってしまい、「笑ってコラえて」のブラバンの奴を見る。わざわざオレに見せようとビデオに録ってたらしい。こちらにとっては 15 年以上昔の思い出で、見たくなかったのだが・・・。へ〜〜〜。淀工ってあんなに明るいんだ。普門館での思い出の中にある淀工メンバーは男ばっかで、リーゼントが多くて目も合わせられないような雰囲気をまとってたんだけど。

来年度のブラバン全国を目指す中高生諸君。普門館じゃ無くて残念だね・・・。

1/1

本家へ。従兄弟に遇う。パワフルな叔母どもの会話（平均年齢 65 ? ）。

叔母 A : オレオレ詐欺っちゅうん？　アレ掛かってきて欲しいんちゃ。

叔母 B : そうそう、さんざん話につきあったあげく、「ウチには孫はおりません。」って決め台詞言ってみたいやね。

その後、岩国へ錦帯橋を見に。夕食は自宅にて豚しゃぶとおせち。年々、おせち料理が少なくなっていく。今年はシメサバもない。鯖が 1 本（一切れ？） 2000 円だとかで諦めたらしい。姉が「豚しゃぶ用ゴマだれを作ろう。」と言い出し、（何を思ったか）ゴマをすりつぶす事に。すりつぶすのは俺。親が入れ歯で挟まると痛いだろうから、ゴマの粒を残したくない。ってんで、汗だくになってつぶす。途中で「ゴマペースト買えば？」と親が言い出すが後の祭り。意地になってつぶす。ペーストは出来たが「たれ」にするための微調整が分からない。理系にあるまじき事に最初のゴマの量を量ってなかった orz...。ゴマペーストの量を量ろうとする前に、姉貴が醤油をぶっ込んだ orz....。姉、私、お袋 3 人で味見をしつつ試行錯誤。てんで味がまとまらない。そこで親父登場。ちょっと味見をし、豆板醤とみりん、砂糖を大雑把に入れる。劇的に味が変化！！さすが元プロ。

1/2

東京へ戻る。銀座のアップルストアに初めて行く。目的は " iTrip mini " の購入と PowerBook のゴム足購入。ゴム足はずいぶん昔にとれてしまっていたので、この機会に自分でつけようと思っていた。で、iTrip mini はあっさり見つかり購入。ゴム足の方は「販売はしてませんが、 Genius Bar にて無償にて取り付けます。」と言われ、Genius Bar にて取り付けてもらう。Genius Bar は混雑していてちょっと待たされたが、タダだし文句は言えない。作業に入ってからはあっという間。まあ、ゴム足だから・・・。

しかし、iPod がひっきりなしに売れていくのには驚いた。

1/3

ハリー・ポッターと賢者の石。読了。今まで原作読んでなかったので。携帯版の発売と合わせて読もうかなと。