はっ!

xdaに書いたの間違ってる・・・再現しない・・・orz ま、修正は面倒くさいからパス(^^; ヒントはあげたし。
うまくいく方法は、以下になります。

追記:こちらにツールをまとめておきました。

BinToNb0 _xip0.nb0 image.nb0
MirageSplit image.nb0
nbsplit -data 2048 -extra 8 OS.nb
prepare_imgfs OS.nb.payload -nosplit

BinToNb0と、MirageSplitはスクラッチです。BinToNb0は、cvrtbinの反対をするフィルタ。MirageSplitは先頭0x20200バイトをBootLoader.binに、残りをOS.nbに書き出すフィルタ。

imgfstodump imgfs_raw_data.bin

で、dumpディレクトリにダンプされます。逆の処理をするコマンドが既に揃っているので、再構成できる可能性が高そうです。