RCSB PDBのJmol表示がver.11.6になった影響

生体分子 分子の形

昨日突然起こった大事件。標題のように，RCSB PDBで採用している分子モデル表示形式のうち，Jmolがver.11.6に変更された。

機能がかなり増え，モデル上でマウス右クリックして表示されるメニューも以下のように変更された。まずは表示構造データをその場で保存できるようになったことは大きい。


Jmolの表示変更メニュー：〔左〕Jmol 11.0.2（本サイト），〔右〕Jmol 11.6

昨日はなぜかRCSB PDBでは“File Not Found”エラーで分子モデルが表示されたのだが今日は正常になった。

  • データ例（昨日の新規公開データの中から）：3DJY

この表示を見てわかるように，データの下にはJmol scriptを入力できるフォームが新登場した。早速，私のJmolコンテンツで使っているscriptを入れて（ソースからコピペ）ボタンを押すとちゃんと表示変更できるではないですか。


3DJYを有機概念図I/O値順着色，糖鎖は糖別着色し，水素結合表示

これを楽しんでもらうために，タンパク質について有機概念図簡易計算機の雰囲気を実感できるscriptを以下に示そう。
    select all; wireframe off; backbone off; spacefill; select asn or ser; colour atoms [255,60,120]; select asp or gln; colour atoms [255,120,160]; select glu or thr; colour atoms [255,160,200]; select arg or his; colour atoms [255,200,220]; select gly; colour atoms [255,255,50]; select lys or tyr or trp; colour atoms [170,255,170]; select cys or met; colour atoms [130,255,130]; select pro or phe; colour atoms [100,255,100]; select ala or val or ile or leu; colour atoms [0,255,0];
赤字の部分を範囲指定・コピーし，任意のJmolデータのフォームにペーストしてボタンを押せばよい。以下がその例になる。

カリウムチャネルの例1BL8の表示変更例（リガンドはCPK色）
※有機概念図簡易計算機参照

Jmol 11.6でいろいろ遊べそうだが，その時間が少しないのが残念。是非いろいろ試みてこの記事にコメントやTBをお願いしたい。