故障したHDDは取り敢えずddコマンドでまるごと新しいHDDへ

Ubuntu等のLiveCDを使って起動、アンマウント状態のHDD2台にしておく。
/dev/sda … コピー元
/dev/sdb … コピー先
多少故障してても以下コマンドで故障箇所をスキップしつつ丸ごとコピー

dd if=/dev/sda of=/dev/sdb bs=512 conv=noerror,sync

進捗は以下コマンド

killall -USR1 dd