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踊る脳科学者の日記 このページをアンテナに追加 RSSフィード

計算論的神経科学研究者の日記。趣味は競技ダンス。
2006年度より日本学術振興会特別研究員フランス留学中。 2008年より海外学振でDuke大学へ.ある現象が実際に脳内で起こることを実験的に証明しに来ました。

2012-01-06

2012年 13:35 2012年を含むブックマーク

すっかり休止状態のこのブログですが,なんとかやってます.

昨年は,日本で震災があり,心に陰を落とすことの多い一年でした.

今年こそは全てが上向きになっていくような年になればよいな,と思っています.

我々のアメリカ生活も4年目の終わりに近づこうとしています.昨年は,研究成果のほうは,なかなか厳しいものがありました.論文は,再投稿のための実験が迷宮入りし,どこで「終了宣言」するか難しい判断を強いられる状況になりました.当たり前のことですが,モデルの上では複雑なネットワーク上で起こる活動はすべて観測可能です.しかし実験では,複数の領野にまたがった神経活動を解析しようとするばあいに,その領野をつなぐ領野の活動は観測不能な変数になり,自分の研究だけでは,その全てを明らかにすることはできないという現実にぶち当たりました.当たり前すぎる現実.

振り返れば,昨年は3月以降ずっと,論文のリバイズでもがき苦しんでいました.しかし,その9ヶ月の紆余曲折の中で得た実験結果は面白いことを示唆するものばかりで,いまからワクワクと将来の実験を妄想しています.(とどのつまり今の論文には関係ないデータを得たという事ではありますが)

自分が足踏みしている間に,家族はどんどん成長しています.子供は大きくなり,夫婦の一対一だった関係にどんどん子供が入ってきて,小さな社会が出来てきました.4歳の長女はダンス大好き・夢みる少女タイプ.2歳の次女は人の言うことをまったく聞かない自由人.それを悠々と見つめる妻.まったく性格の違う女性3人がぶつかる様子は,見ていて飽きません.実験がうまく行かないときも,家族がいるありがたみを感じた一年でした.

今年こそは,たまりにたまったデータを論文として出し,次プロジェクトを形にしたいと思います.今年こそは,日本に行く機会も作りたいと思っています.

今年もよろしくおねがいいたします.

2011-01-27

[]鳴かぬなら… 00:29 鳴かぬなら…を含むブックマーク

もう1月も終わりに近づいています。昨年の論文は1月初旬に再投稿しました。

そして、半年前から準備していた新プロジェクト、ようやくデータがでてきました。

鳥が鳴くのを待つ時間が長い実験です。なかなか鳴かない鳥もいます。


「鳴かぬなら…」の3パターンがありますが、信長のようにはなかなか行きません。

最後に天下を取った、家康を見習ってここはじっと我慢です。

2010-12-31

[] 年末です 15:39  年末ですを含むブックマーク

もう2010年も終わりです、あっという間に過ぎ去ってしまった12ヶ月でした。

去年の今頃は、電気生理数値計算からなる論文を投稿しようとしていました。ところが話が膨らみ、行動実験+薬理を加えて2倍の分量と質になったのが8月ごろ。満を持して10月に某紙に投稿しましたが、あえなくエディターで蹴られてしまいました。本当に何が見られているのか、わからないものです。

学会から戻った後、ボスと相談した結果、1ランク下げて投稿することになりました。そしてページ数にずいぶんと余裕ができたので、論文の構成を大きく変更して投稿することに決定。しかし原稿はボスが書き直す、ということになり、ボスがスキマ時間を駆使して直しては、自分が訂正し、図をUpdate。この応酬だけであっというまに3ヶ月過ぎました…恐ろしい。そしてあと少しで完成いうところでクリスマス休暇に入ってしまいました。

とっても、もどかしい年末になってしまったけれど、これも勉強。うまくボスを動かしつつ、自分のできる限りのことをやろうと思います。

そんな鬱屈した日々を吹き飛ばすべく、クリスマス休暇でNYに行ってきました。過去2年は日本の習慣を引きずって、クリスマスは休まず正月休みを取っていたけれど、ボスが動かないクリスマスには、論文もすすみません。3年目の今年からは仕事のタイミングを合わせ、クリスマス休暇を取る方針に変更。

NY旅行は3泊4日。夫婦で交代でMuscical (Mamma Mia!) を見に行き、MOMA国立歴史博物館を回り、クリスマスツリーを鑑賞して、貴重な日本式ラーメンなどを食べてリフレッシュ!しました。

2011年は、すでに11月から始めている新プロジェクトを完成させて、もう一本論文を書くぞ!と意気込んでおきます。今やっているのは、世界でまだ数人しかできない実験技術。これが日本で(日本じゃなくてもいいんですが)できるようになると、新しく見える事がたくさんあって、楽しいのではないだろうか、と夢見ています。

2010-12-13

[] 代理トーク 00:54  代理トークを含むブックマーク

ずいぶんと久々の更新になってしまいました。SfNでは多くの方とおしゃべりできて楽しかったですっ、てもう遅すぎですか。機会があったらまたご一緒しましょう!


さていきなりですが明日、ボスの代理でトークをすることになりました。Triangle Areaの研究機関*1神経科学系の学科で持ち回りで開催しているSynapse Clubなるもので、明日UNCのTaylor Hall で 5:30からトークします。お茶やお菓子もでるみたいなので、お暇な人はぜひどうぞ。

*1:主にDuke,UNC,そしてNC state, NIEHS

2010-10-13

[] 論文投稿 04:29  論文投稿を含むブックマーク

ようやく論文を投稿しました。

初稿ができたのが年明け。そこに行動実験+薬理を加える事になって、どんどん話がふくらんで、まったく違う論文になったのが8月。さらに2ヶ月を費やして、ようやく投稿にこぎつけました。投稿前は、ボスも夜中の0時過ぎまで最終チェックをしてくれるなど、もはや頭があがりません。

しかし日本にいた時にボスが言っていた事を思い出します。データを取るので3割、論文を書いて3割、そして残り4割が投稿したあとのレビューアーとの闘いだと。

まだ4割も残っていると思うと恐ろしいですが、とりあえずレビューに回ってくれる事を祈っています。

Keep our fingers crossed!

2010-09-19

[] 近況 04:47  近況を含むブックマーク

はーなんとも忙しい日々です。先週、妻子が一時帰国から無事に帰ってきたこともブログに書けていませんでした。長女は日本語でのおしゃべりがすごーく上手になって、ずーっとしゃべっていたし、次女もなにか言葉らしきものを「もじょもじょもじょ」としゃべるようになってました。もう日本語での指示はわかるようになりました。妻は髪型も日本風になって、日本を満喫してきた様子。しかし一ヶ月の長旅、お疲れ様。


金曜には、ようやくボスに改定版の論文原稿を渡しました。後はボスが週末に手直しして、もう一度知り合いに渡して読んでもらって、投稿です。石橋を叩いて渡る、とはまさにこのことか、というくらい、しつこくやってます。この論文については、語ることが多すぎて、今はなにも言えない、という感じ。

週末は、完全に家族サービスの日。子供と一日遊ぶのは、本当に体力勝負です。子供との距離がぐぐいと縮まる日。そして妻にささげる自由時間。

明日からは、やっと新プロジェクトを始動できそう。もうすでにドライブのテストは、麻酔下まではできてます。あとは実際にawakeでどこまでいけるか…、まだまだ調整が必要かも。その合間に、自分の配属になったローテーションの学生(なんと18歳で大学院生!こういうのをchild prodigyという)を指導します。日本では飛び級とかないので、びっくりします。

2010-08-15

[] フランス論文受理! PC再インストール 04:24  フランス論文受理! PC再インストールを含むブックマーク

先月にリバイズして投稿した論文がJ. Neurophysiologyに受理されました(祝)!

長かった….投稿からリバイズ投稿までに時間がかかり,共著者には迷惑をかけてしまいましたが,リバイズ版はあっさりと受理されました.受理の嬉しさよりも,長い戦いが終わり,ほっとした感すらあり.

さて,実はここ数日間,PCの復旧作業をしていました.自分のPCがずっと不振な挙動を示していたので,複数のアンチウィルスソフトを使って駆除してみたところ,なぜかPCが起動できなくなってしまいました(涙).

重要なデータはすべてバックアップを取っていたのですが,こちらでの仕事も投稿間近だったので,変な汗がでました.仕方なくPCを再インストールしたところ,恐ろしいことにバックアップした外付けHDのデータが読めなくなるというエラーに遭遇し,眠れぬ夜をすごしました.

症状は,外付けHDにバックアップされているデータのコピーに失敗して,一度失敗すると他の全てのデータが読めなくなるというエラーでした.幸いなことに,外付けHDの電源を落として再起動すると,データを読み出す事ができました(これに気が付くのに,丸一日かかった…).原因はまだわからないのですが,同じファイルが読めたり読めなかったりするので,外付けHDに何か物理的な問題があるようです.

土曜はラボテクのJが,「ひとりじゃさびしかろうー」と自宅のパーティーに誘ってくれたため,メンタル的にも助かりました.日曜にはデータもPCもほぼ完全に復旧しました.今週は最後のデータが出る予定,論文投稿は近いか(期待)?

妻 2010/08/16 23:55 心配したよー、大変だったね。

踊る脳科学者踊る脳科学者 2010/08/17 01:05 ご心配をおかけして申し訳ありませぬ。

コバヤシコバヤシ 2010/08/19 15:25 久しぶり!
最近ぜんぜん会ってないね。
うちの子もすくすく育って、超おおきくなったよ。
ついでに自分も大きくなったよ。ウエストが。。。
あと、横浜のマンションに引っ越したよ。
機会があったら、また会いたいね。
そういえば、以前教えてもらったメルアドが
もう無効になってるみたいなので、
よかったら、このコメントに記入した
メルアドにメールしてみて。
では、また。

踊る脳科学者踊る脳科学者 2010/08/19 16:09 メールしてみたよー

ryusukeryusuke 2010/08/25 22:49 先日はどうも。
おつかれさま。
たまには日本にも帰ってきてね。

踊る脳科学者踊る脳科学者 2010/08/26 19:23 娘と遊んでくれてありがとう。そちらこそアメリカに遊びに来てください。
映画祭でもあればねぇ。

T山T山 2010/09/03 17:24 遅くなりましたが、論文受理おめでとうございます!
昔の職場の仕事は、なかなか進まないものですね。現在まさに実感中・・・

今日、UPSの荷物が届きました。いつもありがとうございます。
何と今回の荷物で、家の保険を解約するのを忘れたことが発覚。不覚。

もう少しで一人暮らしも終わりでしたっけ?
頑張って乗り切ってください。

ではまた。

追伸:Durhamはハリケーンの影響はありました?

踊る脳科学者踊る脳科学者 2010/09/03 20:22 T山さん、ありがとうございます!

昔の職場の仕事、本当に進みませんでした。ボスがやる気のあるときに、一気にやるしかないです。
今の仕事もはやく片付けます!

ps. ハリケーン、Durhamにはほとんど影響ありませんでしたが、今日はカロライナブルーの青空が美しいです。

2010-08-10

[] 妻子・一時帰国 02:59  妻子・一時帰国を含むブックマーク

妻子が日本に一時帰国したので,今日から約一月の一人暮らしです.


RDU空港まで朝,送っていったのですが,出国ゲートでのそれぞれの別れの言葉は,

3歳長女「また,いつか,一緒にあそぼうね!」

うぅ,泣けるぜ.

嫁「帰ってきて,論文が投稿されてなかったら,ちょっと恥ずかしいね!」

うぅ,それだけはないようにします..

1歳次女:「...」

パパを覚えておいてくれ!


嫁は心配したのか,2週間分の夕飯を作成して冷凍庫に入れておいてくれました.助かった….


そして報告が遅れましたが,この一時帰国の直前には5日間の休暇をとり,フロリダのDisneyWorldに行ってきました.ここ2年で初めてのまともな夏休みでした.

上のお姉ちゃんは3歳になり,プリンセス大好き!なお年頃.憧れのプリンセスに会ってお話して,幸せがあふれでてました.下の子は1歳,花火でもビックリ,おおきな怪獣が現れてはビックリ!ちょっと刺激が強かったかも.親は,子供がベビーカーで寝てから交代で乗り物に乗ることができ,これまた大満足.

フレッシュな気分で,気合いれて仕事するでぇ〜.

2010-07-26

[]フランス論文,リバイズ投稿! 06:22 フランス論文,リバイズ投稿!を含むブックマーク

フランス論文,やっとリバイズ版を投稿した!

すっかりさび付いた理論脳がめちゃめちゃ活性化した数週間だった.フランスの共同研究者には,ずいぶんとリバイズが遅くなってしまい,迷惑をかけてしまった.数値計算がうまく行かないときは,時間のリミットがあったので,胃が痛くなった.ここまで難産だった論文は初めてかも.まずはリバイズ版の無事を祈りたい.


そしてうちのボスも3週間のヨーロッパバカンスを終え,週末にラボに戻ってきた.

こちらの論文ももうすぐ投稿だー(期待).

2010-07-15

[] JH 04:40  JHを含むブックマーク

隣のラボの韓国人ポスドク JH,彼はこの秋からシンガポールでラボを持つ.
JHは韓国の大学からもオファーをもらったらしいが,それでもシンガポールを選んだ理由について話してくれた.


理由1) 子供が英語をしゃべれるようになってほしいから

理由2)自分のラボを持ちたいから.韓国では大講座制のラボに入って大ボスの下,番頭さんになるところから始まる.

理由3)お酒が飲めない自分は,お酒をたくさん飲まないといけない韓国ではやっていけない.

だそうです.


1)の「子供が英語をしゃべれるようになってほしいから」というのはおもしろい.というのは在米日本人の間でむしろ逆に,「子供が日本語をしゃべれなくなったら困る」,という人が多いのではないかと感じるからだ.自分の場合は,英語がヘタという意識があるから,子供が英語しか話せなくなったら,気さくにコミュニケーションができなくなるのでは!という恐怖がある.一方で大学にいる中国人,韓国人を見ていると,みんな子供が英語を喋って欲しいと思っている様子.英語ができたほうが,祖国でも米国でも,世界中で仕事にありつけると考えるからだろうか.ずいぶんと違うものだ.


2)の「大講座制システム」だが,日本の大学では最近は講座制をやめて,テニュアトラックを採用しているところも多いと聞く.いままであまり考えたことがなかったが,そろそろ気になる話題である.

大講座制も,自分にあっていればそれでよいという気もする.たとえばsongbirdの分野では,まだまだマウスほど分子生物学が使えない.Songbirdで分子生物学ができる,特に遺伝子組み換え技術があるところで,電気生理をやるというのはすばらしい組み合わせだとおもうのだが.少なくとも今のSongbird業界では,どこのラボが最初に遺伝子導入技術を実用化するかが,今後の10年を決めると思う.どうだろう.


3はむしろ歓迎,とかいって.

2010-06-29

[]あとひとふんばり 00:50 あとひとふんばりを含むブックマーク

最近の娘の言葉.

論文でたらシンデレラのお城 (Disney Worldのこと) に行く (by 2歳11ヶ月)」


というわけで論文投稿するぞ!と週末返上でボスも自分も論文を書いては直し,

議論しを繰り返していたのですが,最後の最後で細かいwordingに合意達成できずに,

ボスが長期休暇に突入してしまいました.ごめん,お父ちゃんまだ論文でないわ.


ボスも休暇前に論文を投稿したかったようで,自分でもすこしfrustratedだと言っていましたが,

納得のいかない文章で投稿して,すぐにエディトリアルキックを食らってリジェクトされるより,

ここは万全を期して一ヵ月後に完璧な論文を投稿することになりました.

たぶんスクープされる事はないと思うけれど…心配だけどしかたない.



そして休暇に行く予定でホテルまで取って計画たててくれた嫁よ,すまぬ.あとひとふんばりじゃ.

2010-05-10

[] 解析終了 22:01  解析終了を含むブックマーク

行動実験のデータ解析完了.まちがいない.これで論文投稿できます.

最初に生データを見て(聞いて)から数週間,どうやったらこの行動の変化を明確に示す事ができるかを考えていた.標準的に使われる音声解析のプログラム(Sound analysis proとか)は10ミリ秒程度の音圧の周波数解析に基づく局所的な解析で,大局的な歌構造がどう変化するかを見るものではなかった*1

大局的な構造を調べる際には,いくつか方法があった.音を分類して歌の構造を抽出するのが一つだが,マニュアルでがんばって音を分類する方法は避けたかった,マニュアルによるバイアスを防ぐという意味でも,時間の使い方という意味でもよくない.そこでセミオートで音の分類できるように,解析プログラムを作っていた(結局使わないのだが).これは音の連続的なかたまり(motif)を機械学習(Support Vector)で分類して,自動的に歌の文法を抽出し,その構造変化を見るというものだった.作成してしばらく使っていて,自分の実験ではこれがとある条件でつかえない!!!という事にやっと気がつき,最後は非常に単純な方法に落ち着いた.そう,単純なほうがいいのだ.

さーて,これで論文投稿まであと一息.投稿準備しつつさらにnを稼いでおいて,投稿orリバイズに備えよう.

*1:できないわけじゃないがおまけ程度なのでとても論文には使えない

2010-05-07

[] microdialysis probe 23:55  microdialysis probeを含むブックマーク

あっと気がつくともう5月.4月は何も書いてなかったか.

追加実験が4羽目にしてやっと軌道にのってきたー.4月中旬から,薬剤導入用の方法をmicrodialysis probeに変更するため,新たに材料を取り寄せてprobeを作成してました.3羽目からこれを使い始めたところ,目に見えて(耳に聞こえて?)行動に変化が出るようになった.3羽目で見えた傾向が,4羽目のこの鳥でも見えている.これで基本的なデータを取ってしまいたいーーー.

2010-03-15

[] 近況 23:31  近況を含むブックマーク

すっかり更新が滞っていますが,先日親にSkypeしたら心配されているようだったので,近況報告.

まず4月からですが,今のボスに正式に雇ってもらうことになります.2年の海外学振期間が終わろうとしているのにまだ論文がでてないというのはまずいという気もしますが,こればっかりは色々な要素が絡むのでなんともいえないところ.肝心の論文は…まだ投稿していません.ぐはー.理由はいろいろあるのですが,念には念を入れての別実験をしております.初めての行動実験なのですこし時間がかかってます.でもやっぱり行動と脳活動の関連を見るのは楽しいです(と書いて,すっかり理論家らしからぬ言動をするようになったなと思う.でもモデルの研究を真剣に受け止めてもらうには必ず実体あるべきと今は思ってます).


ちなみにウチのラボは,自分を入れてポスドクが2人.学生は4人+αに技官1人の比較的小規模なラボです.最近N誌に論文を出したポスドクTは,今年からjob marketにでるので,最短であと一年強で出て行きます.そうなると来年秋以降は3年目にして古参のポスドクです(学生はもっと古参がいるけど).いいのか.

日本にもまた一次帰国したいですが,論文が出る段階になったら,どこか訪問させてもらおうっと思っとりますのでよろしくおねがいします.

2010-02-05

「研」 追加実験二日目 19:14 「研」 追加実験二日目を含むブックマーク

追加実験2日目,うまくいきました.これでなんとか所定のサンプル数を稼いだので,論文投稿にむけてサクサクと進みたいところ.

今回得た結果のおかげで,これまで「フィードバック経路がどこかにある.経路AかBかCかDのどれかだろう」というはっきりしない結果から「フィードバックは主に経路Aを通じて戻ってくる」という強い主張になった.本当によかった.



今回ボスから学んだこと.

「自分が何を信じるか」


一時期,どこを通じて Corollary feedback とでも言うべきもの(と呼んでいいのかどうか)が帰ってくるのかわからなくなり,前述した論文が出たときには,間違ったところを探していたのでは!とビックリ&落胆してしまった.しかしその後のボスの厳しくも暖かい励ましにより,追加実験を敢行して,自分達の主張の裏付ける結果を得た.

「何を信じるか」,とは別の言い方では「研究上の仮説」のことである.「ある仮説」を強く信じるには,その研究分野での幅広い知識が必要だ.今回はアナトミーと結合関係,脳部位の機能についての細部の知識が自分には足らなかったため,似たような論文の結果を見て狼狽してしまった.しかし経験あるボスのおかげで,「何を信じるか,その真偽を確かめるためにどんな実験をするか」を明確に見出す事ができた.

今書いている論文,実はもう一つ仮説がある.理論の研究で,神経活動の伝播の仕方として,ある条件で起こると期待されている「ある伝播モード」がある.自分はそれが脳内にあると信じている.この論文はそのCorollary feedback とでも言うべきものが,「ある伝播モード」で伝わるという事を示す論文であるが,はたまた,認めてもらえるであろうか.

2010-02-03

「研」 追加実験一日目 17:47 「研」 追加実験一日目を含むブックマーク

追加実験一日目,論文をずっと書いていたので腕が鈍っていないか心配だったけれど,期待していた以上によいデータが取れた.なぜ論文投稿直前になって追加実験をしているかというと,最近発表された論文(まだOnline)に対抗するためである.

自分が研究している鳥の脳には歌に関与する神経核が複数ある.歌に関わる神経は,もともと首とかあごなどの筋肉を制御していた運動制御系の神経が,歌に特化して発達・進化して出来ている.特殊化した神経は,もともとの運動制御系の神経からまるで結晶化したように「神経核」として固まっており,それらがたがいに結びついてより脳全体にわたる歌回路を作っている.

そういうわけで,「神経核」は歌,その神経核の周囲を取り囲んでいる「殻」がもともとの運動機能の制御,というのがこれまでの見方だった.最近でた論文は,「殻」も鳥の歌学習には重要である,というエキゾチックな内容だった.そしてその「殻」は歌をコントロールする重要な神経核にフィードバックを送っているのではないか,と解釈されていた.*1

自分の論文はそのフィードバックに関する結果が入っている.なおかつその論文とは主張が異なる.追加実験の結果は明確で,自分達が主張するフィードバックの経路が歌回路の活動にとって重要である事をサポートしている.さらにもう一匹使って,同じ結果がでれば,論文投稿へGO!である.

*1:しかしよく考えると,あごの筋肉なんて,まさに歌に関係していそうなので,むしろ「あごの筋肉を制御する脳回路を焼き切ったら歌が学習できなくなった!」と報告したような論文なのだ.おいおい.

2010-01-28

ver.3 23:58 ver.3を含むブックマーク

論文下書きもver.3. ついにボスからshort versionで論文を書く許しを得たので,8枚の図を4枚にまとめる.この論文,実験と理論のネタが混じっているので,実験家であるボスにそのインパクトをうまく伝えるのが難しかった.しかし2回のダメだしをくらい,しつこくしつこく説明し,推敲する期間を経て,ボスもだいぶ前向きになってきた.デパートメントで唯一の理論系のPIにもプレゼンした結果,論文の意味はわかってもらえた様子.

ラボミーティングで指摘されたところを確認する追加実験を来週行い,図に入れ込んで,ほかのPIに意見を聞いて,2月末には投稿できるだろうか….

2010-01-11

[] 風邪っぴき 22:42  風邪っぴきを含むブックマーク

風邪を引いてしまいました.ダンスをしなくなってからほぼ1年以上経つが,運動しなくなったせいか,だんだん体が弱ってきたような気がする….

そして長女もひどい風邪(fluの可能性大)を引いている.2峰性の高熱をだし,呼吸が荒く雑音がしたので心配になり,Emergencyに妻が連れて行った.熱を下げるためTayrenol Infantを飲ませてもらったらその場でけろっと症状が治まってしまったそうだ.胸部X線も取ってもらったが,肺炎の兆候もなく,”良好”と太鼓判を押されて帰ってきた.

それで安心したのが昨日,今日になってまた午後から発熱したらしい.心配….

2010-01-08

[]あけましておめでとうございます 20:25 あけましておめでとうございますを含むブックマーク

あけましておめでとうございます.

まだ論文は投稿していません…くっ.ボスにバージョン-1を渡し,正月休みで初のカリブ海にいってしばしのんびりしました.帰ってきたら,フランスのボスからも,年始のリバイズの催促が来てました.まずい.

2009年は実験を開始して2年目,自分の納得できる結果が出たのがよかった点,しかしまだ論文になっていないのがまずいところ.2010年の新たな実験プロジェクトもすでに胎動が聞こえてきています,スピードアップして,ばしばし論文を書かねば,というのが今年の目標ですな.

2009-12-25 クリスマス このエントリーを含むブックマーク

クリスマスです.なんと嫁がドラクエIXをプレゼントしてくれました…がっ,論文投稿まではおあずけだそうです.がっくし.

そして先に嫁が遊ぶそうです.セーブはソフトにつき一個しかできないですが.ぐあぁ…

というわけで,正月明けに休暇をとるためにも,論文書き中です.

2009-12-01

[] Microdrive, ぎっくり腰 06:17  Microdrive, ぎっくり腰を含むブックマーク

データ解析と新MicroDrive(MD)のデザインをする.

新MDは次のプロジェクト用.ボスがMFから新しいMDとshuttleのデザインを送ってもらったので,ウチのラボでも使えるようにオーダーする予定.しかしshuttleのデザインがどうも納得がいかない…本当にこれを使っているのだろうか,自分の考え付かない方法で….仕方ないので,my-shuttleをSolidWorksでデザインする.SolidWorksは初めて使うけれど,普通のCADよりも断然楽しい.しかしMFの新MDのデザインはよくできている,ずいぶんと楽に使えそう.

これで修行を積みつつ,次の次のプロジェクトに転用するというわけだ.うー楽しみ.

帰ってきたら,妻がぎっくり腰になってしまった.娘二人と持ち運び用カーシートの,しめて20kg以上を抱っこして歩いたらしい.長女は予防接種をふとももに受けたので,当然だっこ.次女はまだ6ヶ月に満たないので,当然だっこ.これは大変だ…明日はプレスクールの送り迎え担当か.

2009-11-25

[]  00:00  を含むブックマーク

一月ぶり以上の更新になってしまった.

いろいろあった.


次女がお座りできるようになったとか(5ヶ月なのに),

長女が Terrible Two を地で行くようになってきたとか(2歳だから),

論文,最後の図になる予定の実験がやっとうまく行きそうとか(今その実験中だったり),

ラボセミナーで,バックグラウンドとなる理論の話と一緒に,論文にするストーリーとデータを全部話したら2時間近くかかったとか(ヒンシュク),

フランス論文のレビューが戻ってきて,総じてポジティブなんだけど,面倒な計算を追加する事になりそうとか,

来年からボスのグラントで雇ってもらうので,給料が下がる可能性大と知って嫁が激怒したりとか.


いろいろありました.



まるで年末の「今年を振り返って」みたいですが,2009年,まだ一ヶ月ちょっとある.

「いろいろあった」に「論文投稿した」を追加できるようにがんばろう.

2009-10-22

[] 学会終了 19:09  学会終了を含むブックマーク

昨日まで学会でChicagoに行っていました.

ポスターもなんとか人に来てもらい,いろんな人を話せました.なんとか鳥研究者の一員になった気分.

そして多分レビューに回りそうな大御所が,2人を除いては来てもらい,色々と直接話せたのはよかった.

飲み会も充実し,お肌はぼろぼろです.

さて,来週,再来週で残った実験をかたずけるぞ!

毛内毛内 2009/10/26 04:14 学会お疲れ様です!
青西研の毛内です。ステーキうまかったですね!!!

僕もブログやってるので、もしよかったらリンク張ってもよろしいですか??
http://hmonai.blog33.fc2.com/

今後ともよろしくお願いします。

踊る脳科学者踊る脳科学者 2009/11/20 00:09 おもいっきり返事がおくれて本当にもうしわけありません….

そうそう,ステーキうまかった!!(もう遅いね…).

ぜんぜん更新してないブログでもうしわけないですが,
ぜひリンク張ってください!!!!!!ちゃんと更新しますので!

2009-10-06

[] 実験できません 00:00  実験できませんを含むブックマーク

ノイズの問題は解決.

しかしとんでもない事が発覚.ラボの引越しに伴い実験のプロトコールが変更(場所だけ)になるのだが,まだ認可されていないらしく,実験できない!しかも今週は監査があるので,もしも実験しているのが見つかったら,ごめんなさいではすまないらしい.

4階でしてOKだった実験が,3階でするのはダメってのは納得がいかんが,お役所仕事ってのはこれだから困る.しかも2週間後は学会.もしもこういうデータが取れたら…こんな図をポスターにのせよう…という期待のがあったのだが,困ったな〜.

2009-09-23

[] フランス論文投稿,ラボの引越し 06:54  フランス論文投稿,ラボの引越しを含むブックマーク

フランス論文をついに投稿.無事を祈りたい.

そしてラボの引越し.同じ4Fの2つのラボがHHMIのグラントを取り,ラボを拡張するというので,4Fから3Fへ移動.同じ建物内とはいえ,計測機器を接続するとノイズがすこしだけ大きい.なんだか電源からノイズが来ているのかもしれない,だとすると困った.はやく残りの実験しないといけないのだが.

2009-08-25

[] Synaptic event 07:12  Synaptic event を含むブックマーク

synaptic event (EPSPとか)を検出するプログラムを書く.

参考にしたのは,

N. Ankri, P. Legendre, D.S. Faber and H. Korn, "Automatic detection of spontaneous synaptic responses in central neurons", Journal of Neuroscience Methods, Volume 52, Issue 1, April 1994, Pages 87-100.

検出方法はいたってシンプル,Vが膜電位として,dV/dtが自分自身の分散をある程度超えたら,synaptic eventとみなすという方法.自分が加えた変更点は,ある一定時間より長く閾値を超えないと,synaptic eventと認識されないようにした事.どうしてもdV/dtにふらつきがでるので,これを加えるとずいぶんとSignal/Noise比がUPした,ように思える.dtのパラメータも意外と重要.

これで先日のデータを解析したが,どうもこちらのほうがはっきりとした結果がでるようだ.よしよし.

そしてポスドクTがこのプログラムを使って彼の結果を解析.これまたいい結果.彼は今,某N誌のレビュー中であるが,ほぼ確定的な返事をもらいつつある.ちなみにTは今まで顕微鏡屋さんで,電気生理をやったことが無かったのに,レビューを返すためにin vivo intraを教えたら,その日のうちにできるようになったという恐ろしい男である.しかも特殊なテクニックを加えて,すごいことになっている.彼の論文がN誌を飾る日は近い.

mmyywwkkmmyywwkk 2009/09/21 12:11 先日,big fountain君に学会で会い,そのときにこのページの存在を聞いてたどり着きました.すごいactiveに実験をやってらっしゃるようで,とても刺激になりました!僕も負けないように頑張らねば!!近い将来,商業誌にhammerkouさんの名前が「踊る」のを楽しみにしています!

踊る脳科学者踊る脳科学者 2009/09/23 06:50 mmyywwkk,M脇さんですね!

先日は面倒なお願いをしてしまい,すみませんでした.だいじょうぶでしたか.

いや,ぜんぜんアクティブじゃないんです!!すいません!!
ラボ自体は少人数ながら,よい仕事をしているので,なんとか自分も追いついてよい仕事ができたらなぁ,
と思っとります.今書こうとしている論文は計らずして,過去の自分の理論と関連したストーリーになるかもしれません.
ボスが気に入ればですが.

2009-08-20

[] 出た 00:54  出たを含むブックマーク

ボスに「もういい加減論文書いたらどうだ」と言われた先週.

論文の構成を議論していて,「こんな感じでまとめたらどうか」と提案されるが,どうにも気に入らず,自分でも困っていた.なぜか…どうしても腑に落ちない事があるのだ.それを確かめたい.

そういうわけで,ボスに「これが最後の実験な」と念を押されつつ,最後の実験をした昨日.

ついに出ました,これまでの定説を覆す大逆転データ.これで論文の構成が大きく変わる.まだ謎は残っているけれど,ひとまずはこれで決着をつけることにしよう.

2009-08-11

[] フランス論文 再始動 09:29  フランス論文 再始動を含むブックマーク

パリのボスから「Sorry for the long silence...で,論文は今どんな状態?8月は今週だけなら時間があるよ」と突然のメールが.

おお,やっとフランス論文も再始動か,とSupplementaryFigureに入れる新しい図などを載せて送信しようとするが,ちょっとイレギュラーな事をしたので,時間がかかっている.一瞬でできるはずだった図が…あぁ,もっと早くやっておけばよかった,と悔いつつ夜中にシコシコと仕事する.明日は実験がないのでよいが,もう3時だ.まだ終わらない.

2009-07-24

[] パスポート,dual intra + 薬剤 00:21  パスポート,dual intra + 薬剤を含むブックマーク

次女の日本のパスポートを取るための作業をしている.NC州の管轄であるAtlantaの大使館まで片道6時間もかかるのに,パスポートは本人が大使館に取りにいかねばならないので,とても面倒である.

しかし来週末にCharlotte(NC州の州都*1 )で大使館出張サービスがあることを知り,そこでパスポートを発行してもらうために,大急ぎで,日本から戸籍をEMSで取り寄せ,アトランタ大使館に申請書を送ってもらうための申請書(なんじゃそりゃ)を往復ともEMSで取り寄せ,今日ぎりぎりでEMSで郵送申請した.5 Business Dayで出来ると書いてあるから,来週月曜に到着すれば間に合う!

だが,よく申請書をみると,Charlotteでの出張サービスを受けるには,7/17までに申請せよ,と書いてある.そんな〜.なんとかならんかなぁ.


さて,その一方,実験は絶好調.ついにIn Vivo Dual Intra しながら薬剤を加えて記録がとれました.細胞外記録用のtungsten電極とinjection pipetteを入れれば,4本刺しです.うまくいき始めた理由は,おそらくpipette pullerの乾燥剤を新しくしたから?実はここのところずっと,ガラス電極の調子が悪いと思っていたが,電極を引く際に空気を乾燥させる乾燥剤が完全に機能を失っている事が判明(色が赤く変わるのでわかる).うまくいっているうちにバンバン実験しないと.

*1:嘘です.NC州の州都はRaleighです.

HONDAHONDA 2009/07/30 09:23 突然のコメント,失礼いたします.
中学,高校と陸上部の後輩だった(えらそうだった)本田です.
きっと覚えておられまいと思いますが...

インターネットって恐ろしいですね.あの濱口先輩が脳神経科学でビボの実験をされていると,
まさか何気ない検索から判明するなんて.

今,本屋に勤めてます.万が一,私のことを覚えていたら是非メールください.
一緒に仕事できるかもしれませんので.

踊る脳科学者踊る脳科学者 2009/07/30 17:37 覚えてますとも,ハードルがうまかった本田君!
メールしときました.

eleanor mameleanor mam 2009/07/30 22:01 結局どうなりました?(「だめです」というのが私の予想)
うちは行ってきます。ちなみにCharlotteは州都ではありません。
PS:引越しのお手伝いありがとうございました。来月BBQパーティーしましょう。

踊る脳科学者踊る脳科学者 2009/07/30 23:02 おお,ウチもOKでしたよ!意外とFlexibleですね.それじゃあ,Charlotteの盆踊り会場でお会いしましょう!それからNC州の州都は当然ですがRaleighですよね,失礼しました….訂正しときました.

2009-07-12

[] 投稿ならず 06:28  投稿ならずを含むブックマーク

例のフランス論文,やっと実験側のボス(2nd Author)からのコメントは収束してきた.後は理論側のボス(last author)だけ!というところで,

「…かくかくしかじかのところは私が書きたいのだが,明日からバカンスにいくのでまた3週間後…」

というメールがきた.さ,さすがフランス人…バカンスはしっかり取る.たしかパリにいたときも,ボスは「3週間のバカンスっていうのは,フランス人的にはすごく少ないんだ!」とおっしゃっていたような.