2012-02-19
■[研究]共同研究など
昨日の朝はうちの回りでも雪が積もった。今年は全国的に雪が多いようだが、関西は今のところそんなに降らない。ぼくが住んでいるあたりは、ちょうど内陸の雪が多い場所と大阪側の雪が少ないところの境界で、北側の山の方で雪が降っているのが見えるのだが、こちらでは降らないことが多い（降るときは、北の方から雪がやってくるのが見える）。
今週末は共同研究をしている九大のほうから、大学院の学生さんがデータ解析を習いに来た。主にamosという塩基配列データのアセンブルプログラムを使って非ゲノム生物のESTデータからSNPsを特定する、といった作業について、一緒に考えながら作業をする。なかなか「聞き上手」な人だったので、こちらの理解も進んだ気がする。やはり何かを理解するためには、人に話すことは有効だ。ちょっとしたスクリプトを作るにも、自分だけが使うのと、人に使ってもらうのでは作り方が全然違う。
ともあれ、結果が出るのが楽しみ。
今日からは、別の共同研究で改訂中の論文を再び直し始める。こちらも改訂期限が迫っていて、なかなか忙しい。
shimotsuki
2012/02/20 09:51
AMOS使われているんですね。珍しい。私はコマンドラインオプションがやたらと不統一なのに苦労させられています。Bankの指定に-bが必要だったり要らなかったり。でもSNP探索の機能ってありました? アセンブル後はスクリプトでやるんでしょうか。
hashiyuki
2012/02/21 18:04
AMOSのSNP探索機能、というか（エラーも含めて）多型サイトをとにかく特定する機能は"amosvalidate"に付いてます。そのあと、基準を決めてSNPsを「探索する」ところはスクリプトでやってます。現在は、複数の個体をプールしたEST配列（イルミナシーケンサーで読んだもの）を対象に、その中からSNPsを探しているんですが．． まだまだ手探り状態です。
shimotsuki
2012/02/23 14:33
なるほど、amosvalidateにそんな使い方があったんですね。どうもありがとうございます。
