masatoさんご指摘のURLのアンカー自動生成時の不具合についてですが、「&」はURLの中で頻繁に利用され、また、通常日記文中でURLを入力する際には、（ブラウザのURL欄からのコピーペーストなどが多いことから）実体参照ではなく「&」という文字そのものが入力される場合がほとんどであると考えられます。このため、「&」から後を常に実体参照の可能性を検証するよりも、その様な記法の際にはそう記述できるルールを定めることとしました。
要望の中の例ですと、一重括弧でくくって
id:hatenadiary -> <a href="http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/">id:hatenadiary</a>
としていただくか、リンクをストップして
id:hatenadiary -> <a href="http://d.hatena.ne.jp/hatenadiary/">id:hatenadiary</a>
としてください。
また、文中キーワードが自動リンクされるかどうかについて、設定画面のカテゴリーや品詞チェックでは補えない細かいリンクの拒否も、同様の方法にて行なっていただけます。
また、今後、一重カギ括弧でくくった[hoge:〜]という記法が、InterWiki的なものの記法となっていくと思います。
