発表された2nd Editionのルールですが、よく見るとシャッフルの項の記載が変更されているようです。
If you have to do anything with your deck - for example draw, look at, reveal, set aside, discard, or trash cards - and you need more cards than are left in your deck, first shuffle your discard pile and put it under your deck, then do the thing.
山札に対し、ドロー、見る、公開する、わきに置く、捨てる、廃棄するなどの何かを行うとき、山札の残り枚数よりも必要とする枚数が多い場合、先に捨て札をシャッフルし、山札の下に入れてからその何かを行う。
これまでのルールでは先に「何かを行い」、その途中で山札が足りなくなったら捨て札をシャッフルするという手順でしたが、新ルールでは先に山札を数える必要が生じます。
これで何が変わるかと言うと、へそくり(5)があるときに調節できなくなってしまうということですね。例えば山札が4枚の状態でターンを終え、次のターンの手札5枚を作るとき、これまでのルールであれば先にその4枚を見てから、もう2金が欲しければへそくりをトップに置くこともできたわけですが、新ルールではそれもできなくなります。
なお、この新ルールは先に山札のうち何枚を対象とするかが分かっているときのみであり、例えば書庫(5)はアクションカードをわきに置くこともあり、山札を何枚ドロー・わきに置くかがわからないためシャッフルは後になるとのことです。
When you don't know how many cards you are accessing, you are doing them one at a time, and don't shuffle until you get to that point.
When you do know how many cards you are accessing, if there aren't enough, you shuffle your discard pile first, put it under your deck, then do the thing.
http://forum.dominionstrategy.com/index.php?topic=16291.msg640470#msg640470
個人的には、シャッフルが無作為に行われているという前提がある以上、この新ルールが適用されたとしても実際にはこれまでと同じようにシャッフルしても構わないと思います。先にドローするカードの内容が見れたとしてもシャッフルの結果に影響ないのであればどちらでもいいはずです。唯一へそくりを含むゲームのみ正しく新ルールでプレイする必要がありますが、つまりこれは事実上の「へそくりのルール変更」としてもいいのではないでしょうか。
（2018/2/24追記：）
その後、へそくりの2nd Editionによりこの問題は解決されたとのことです。詳細はこちらを。
http://dominion.game-info.wiki/d/%bb%b3%bb%a5%a4%ac%c2%ad%a4%ea%a4%ca%a4%a4%be%ec%b9%e7%a4%ce%a5%b7%a5%e3%a5%c3%a5%d5%a5%eb%a5%bf%a5%a4%a5%df%a5%f3%a5%b0
