2010-10-17

wc -l hoge.fastq |ruby -na -e 'puts $F[0].to_i/4'

当然ですが、ファイルが壊れていないことを祈りましょう。

基本は -e オプションで、スクリプトを渡す。

ruby -e 'p RUBY_VERSION'

次いで、-nオプションを付けることにより、以下のような挙動となって、入力行を読み込む。

 while gets()
  $_=$_.chomp
  <指定したスクリプト文>
end

-e オプションは最後に来ることに注意。切り離した方が最初は分かりやすい？

読み込んだ行は、グローバル変数「$_」で参照出来る。

さらに、 -a オプションで、

while gets()
  $_=$_.chomp
  $F = $_.split
  <指定したスクリプト文>
end

となる。

-a オプションは -n や -p とともに用いて始めて有効。

以後、説明の追加予定

-p : -nと同じループ内で実行を行い、自動的に「$_」を出力する。
-i[extension] : 引数で指定されたファイルの内容を置き換える(in-place edit)ことを指定します。元のファイルは拡張子をつけた形で保存されます。拡張子がなければ、バックアップは行われず、変更されたファイルだけが残ります。

以下、参考、引用記事のリンク

覚え書きを少しずつ書きたいと思っています。

どうぞよろしくお願いします。

hminoの日記