atomsk を使用した dislocation core の visualization

最近の論文で dislocation core structure を計算したのは、だいたい atomskというツールを使って Nye tensorを計算し、芯がどのへんにあるか絵を書いています。Scripta Materialia 75, pp.42-45 (2014) とか。とりあえず自分も以前やったのでメモ

ここからダウンロード。WINDOWS実行ファイルが手っ取り早い。
http://atomsk.univ-lille1.fr/

用意するファイルは、lammpsのファイルでもVASPのCONTCARでもいいけど、転位の構造のファイルと、同じ原子数、同じ原子の並びで完全結晶のファイル。これをatomskの実行ファイルと同じ場所において、 terminal を開いてその場所にcdし、
atomsk --nye perfect.poscar dislocation.poscar nye.cfg
とすると各原子の Nye tensorを計算しnye.cfgに出力する。*.cfgはatomeyeのフォーマット。
値自体は原子に対し定義されてるけど、その間の空間にも可視化ソフトで補間して背景の色として重ねるのが流行っているようだ。