核酸を精製する操作。生物学の実験で日常的に行う操作の中でも最も基本的なものの一つ。 原理は、核酸をエタノール中で塩コロイド化し沈殿させるものである。
DNAを沈殿させるためのとても便利な手段・エタノール沈殿について、誰にも聞かれていない細かな豆知識的なものをツラツラと書き連ねていました。 前回は関連して、「エタノールより遥かに比誘電率が低かった酢酸は、DNAの沈殿には使われないものの、兄弟分子であるTCAがタンパク質の濃縮に使われている」といったことを見ていましたが…… …こないだもそんなことを書いてましたけど、沈殿させるというのは結局、基本的には「濃縮」したいというのがその意図であることが多い実験操作であり、固体として沈殿させて、液体を除いて、より少ない液体で懸濁する（結果として濃縮できる）という、そんな話なわけですね。 DNAの濃縮は、…
水に溶けたDNAを目に見える形に抽出する手法・エタノール沈殿について、ポイントは塩と酒（アルコール）を加えるという点にあるわけですが、そこで使う物質は結構色々なものがあります…なんてことをここ何回かの記事で見ており…… とはいえ前回の記事では、「使われることのない物質」として、一応アルコールの出発化合物といえる（炭素1つから成るアルコールなので）メタノールなんかを挙げて、 「毒性はもちろん、比誘電率が高いので、電気の偏りをなくすのが目的のアルコール沈殿では、効果の弱い雑魚であり使われることがないのでしょう」 なんてことに触れていました。 誘電率について、前回ももうちょい触れようと思っていたけれ…
ザ・細かすぎて面白くないエタ沈シリーズを続けていますが、ネタ不足・時間不足に悩む日々が続いているため、使えそうなものは使っていこうの貧乏性精神のもと、細かすぎるネタを続けさせていただきましょう。 「水に溶けたDNAを、目に見える白いカタマリにして沈めてやる」というエタ沈ですが、大まかな原理としては塩析と呼ばれるものであり、DNA水溶液に塩を加えて水への溶けやすさを減らしてやり、更にそこに追い打ちをかけるようにアルコールを加えることでDNAを析出する……という話だったわけですが、ここで使われる塩にはいくつか種類があります…なんてことをここ数回の記事で見ていました。 まぁ前回グラフなんかも見ていた…
ここ何回かの記事では、水に溶けているDNAを目に見えるカタマリとして沈殿させる手法・エタノール沈殿（通称エタ沈）について見ている感じです。 まぁ今さらですけど、エタ沈ってのは何のためにやられるのかと言いますと、これは別にDNAを可視化して「これがDNAなんだよ、凄いっしょ？」とかマウントを取るためなどではなく、簡単に言えば「精製と濃縮」を意図したものだといえましょう。 例えば細胞を1ミリリットルの溶液に溶かして、そこから染色体DNAを取り出した場合、得られたDNAは1ミリリットルという（分子生物学レベルでは）結構な量の液体に溶けた状態で存在している形になるわけですが… 実験によってはそんな大き…
前回の記事から久々に途中保留状態だったネタに戻っており、生命科学実験で汎用されるDNA精製手法「フェノクロ・エタ沈」の補足という、物理学的な小ネタよりよっぽど面白くも何ともない話をしていました。 とはいえ、何気に僕自身も知らなかった話が目に付いたので、備忘録も兼ねて細かすぎるエタ沈ネタを続けさせていただきましょう。 前回のラストで、羊土社による「核酸実験法」の解説記事を引用していたわけですが… www.yodosha.co.jp …エタ沈というのは、水に溶けているDNAを固体として目に見える沈殿として析出してやる手法なわけですけど、これは塩析と呼ばれる、結局分子レベルの電気的な力を上手いこと使…
ひたすら脱線に脱線を重ねて何記事もネタ出しを助けてくれた物理小話シリーズも、ここ最近の面白錯覚画像でついに在庫が尽きてしまいました。 もう一回ぐらい有名所の錯覚ネタに触れてお茶を濁そうかとも思ったのですが、まぁあまりにもワンパターンなのでやめておきましょう。 そんなわけでようやく途中状態だったネタへと戻っていく形になるわけですけど、最早何の話でどこに戻るのかも定かではないほど前のことになりますが、DNAをキレイに精製するための生化学実験で汎用される手法、「フェノクロ・エタ沈」についての話でしたね。 con-cats.hatenablog.com 遠心ネタに端を発し、物理系の話に逸れたままちょう…
引き続き「フェノクロ・エタ沈」という、生命科学実験で最も基本と言われる実験手技に関する補足豆知識ネタに触れて参りましょう。 前回はフェノクロ処理を行う際のサンプルの量について、多すぎると1本のチューブに収まらず面倒なことになる… （＝後のエタ沈で2.5倍量のエタノールを加えることから。研究室で常用されるのは1.5 mLチューブであり、高速遠心機もそれがジャストフィットするものであることがほとんどなので、そこに入る範囲に収めたいという事情があるわけです。 もちろん、どうしてももっと大きな容量で行いたい場合は、複数本のチューブに分けたり、あるいはもっと大きなチューブ（次にメジャーなチューブは15 …
前回は、元気の源・グリコーゲンが、DNAを可視化するのにも役立っており（＝共沈剤として、DNAを絡め取って沈殿させる役割がある）、また、昔は（多分今も？）試薬のグリコーゲンというのは、牡蠣から採取していたもののようです、なんてことにも触れていました。 そんな所でこの脱線ネタの元になったフェノクロ・エタ沈の補足に戻っていこうと思っていたのですが、もう1つだけ、グリコについてせっかくだから触れておこうかなと思った発展ネタがあったので、まずはそこから参りましょう。 まぁあまりにも細かすぎるというか専門的すぎるといいますか、別に実験で使わない方にとっては心底どうでもいいにも程がある話かと思うんですけど…
Youtube動画の力をお借りして、フェノクロ・エタ沈という生命科学系実験の基本中の基本にして最もよくやられるレベルの実験手法を一通り紹介していました。 一部補足したい部分もあったっちゃあったので、（画像は省略して）キャプションについていた説明文だけを残す形で、全体の流れを再掲するといたしましょう。 （前後を少し省いた所とかで流れ的に必要な部分は、数字の後に適宜必要な点を追加しました） 1. サンプル＝細胞懸濁液を用意する Add 700 μl lysis buffer into cell pellet and resuspend cells ＝700マイクロリットル（0.7 mL）の溶解液を…
「ピュアなDNAをゲットしたい―」…そんな声にお応えして見始めていた「誰でもできるDNA精製実験」のコーナー（一言もそんな声は届いてませんが(笑)）、実験室では今でもよく使われる手法として、「フェノクロ・エタ沈」という手技を紹介してくれている動画（の内、ちょうど前半にあたる、フェノクロステップ）を前回の記事では見ていました。 まぁフェノクロ処理は、毒劇物であるフェノール＆クロロホルムを使うため家庭では中々できないわけですけど、これは「DNAの綺麗さ」（＝「これを行えばDNAが輝く！」みたいな、分子の美しさとかそういうわけではなく、「他の分子の混入が少ない」という意味の綺麗さ、いわば「純粋さ」、…
唐突に始めていた「DNAを見てみよう」のコーナーから、唐突に深入りしていたフェノールについて、前回までで「なぜフェノールと混ぜることでDNAだけ選択的に取り出せるのか（タンパク質は上手いこと除けるのに）」という点を簡単に説明していました。 文字だけでの説明で分かりづらかった中に、解説サイトのイラストも加わって中々分かりやすいものになってくれたのではないかと思いますが、さらに分かりやすいものとして、実際のフェノクロ処理と、更にはその次のDNAを可視化する（まぁ目的は「見ること」ではなく、「沈殿として沈めて純品を得ること」ですが）エタノール沈殿、通称「エタ沈」（英語なら、ethanol preci…
前回の記事では改めて「染色体・DNAの数」について簡単な数字いじりをしながらまとめていたましたが、結論だけ再掲しますと、染色体1本は平均1.4億塩基がつながってできたDNAからできており、細胞1つには46本の染色体が含まれており、人間ひとりには約37兆個（かつては60兆個と言われることもありましたし、これは正確な数字は分からない（というか定まってない）レベルですけど、まぁ数十兆個ですね）の細胞から出来ている… …ということで、ちょうどこの3つの数字を順番に掛け合わせていくことで、「何あたりの」という次元がひとつずつ大きくなり、最終的に「人間1人あたりに含まれるDNAの塩基の数」が求まるわけです…
前回の記事ではこれまた唐突に、分子生物学・遺伝学入門のニュ（いやそれは「基本のキ」でしか使わない言い方で、何かおかしいだろ(笑)）的な話として、DNAの関連用語のおさらいをしていました。 長々と書いていた割に、ほぼ文字だけだったこともあり結局あんまりハッキリとは何のこっちゃよく分からなかった可能性が高かったかもしれません。 そんなわけで、DNA・染色体などについて改めてもうちょい補足説明を続けてみようと思うのですが、結局の所この辺の分子レベルの話は「（めちゃくちゃ小さすぎて）目に見えない」ってのが諸悪の根源であり、見えないものを想像しろだなんて言われてもそんなのは土台無理な話だといえましょう。…
ベーシックな話（塩基性の話）に端を発する一連の記事シリーズにいただいていたご質問から、「水っぽくない液体も、実はほとんどの場合、ベースは水なのです」みたいなことをつらつら述べており、さらにそこから発展して、「水じゃない液体もある？」という点に触れ、前回の記事では代表的な非水液体である、お酒の本体ことエタノールに触れていました。 水とエタノールの不思議な関係（＝混ぜたら減る、どんな割合でも混ぜられる…など。そない不思議でも何でもなかったですけど(笑)）に長々と触れていたわけですが、エタノールに関してはもう1つ触れてみようと思っていたネタを思い出しました。 前回も書いていた通り、エタノールは生命科…
