オープニングはピタゴラ装置のような映像。そこは前作でドクター・ロボトニックが追放された宇宙の果てのキノコ惑星 捲土重来、ロボトニックは他の宇宙人を呼び寄せて、その移動手段を使って地球に戻ることを画策する。そこでハリモグラの屈強な戦士ナックルズが現れる ソニックの師匠筋のコウモリ族に隠された宇宙一のパワーを秘めたマスターエメラルドを探しているというナックルズに協力したふりをして、自分が手に入れようとするロボトニック ソニックのもとには、キツネのテイルズが現れて、ナックルズが迫っていることを知らせる。ソニックとテイルズは師匠の遺した地図を使ってエメラルドを探す 紆余曲折の末に、まんまとエメラルドを…