悪玉菌とは、人体に有害な作用を及ぼす腸内細菌の総称。
悪玉菌は、腸内で有害物質を作り、腸壁の細胞を長い年月をかけて傷つけ、それがやがてがんを引き起こしたり、肝臓を弱らせたりすることにつながる。肝臓機能の低下によって解毒が間に合わなくなると、有害物質は身体中に回り、これが生活習慣病や老化につながるとされる。
また、悪玉菌は腸内をアルカリ性にするので、免疫機能を下げる事態も招くことになる。
ただし、悪玉菌は決して不要な菌ではない。善玉菌は悪玉菌と戦うことで、その効果を発揮するためである。したがって悪玉菌がゼロになればいいわけではなく、善玉菌を優勢に保っておくことが大切だとされる。