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MAFFT

「まふと」「えむえーえふえふてぃー」「まふっと」などと呼ぶらしい。日本製。核酸配列アミノ酸配列のマルチプルアラインメントを作成するためのアプリケーション。高速かつ高精度。配列情報のみの利用でも、立体構造情報を利用した3D-COFFEEにひけをとらない精度を誇る。大量の配列を扱いたい方にもおすすめ。ダウンロード版はもちろんのこと、最近ではウェブ上でのサービスも充実してきている。分子進化の専門家が作成しただけあって、系統樹作成についてもきちんとサポートされている。ダウンロード版の掲載順位が(MacWinLinux)となっているあたりは、作者のこだわりを感じさせる。精度向上のための新たな取り組みも行っている。