ryuon
高速な implicit algorithm の実装:
fastSI のテスト、昨日の続き:
見つけた bugs:
radius の設定が矛盾したものだった。修正後、 N=3 の場合は全部クリアした。 N=100 にすると、ダメ……。
あとは dt を調整することで、通るようになった、ということにする。
libstokes に引越し:
まずはブツ(bd-imp-fast.[ch])を libstokes/src に移動。
テスト・コードは check-bd-imp-fast.[ch] として libstokes/test に。
bd-imp-fast.c に入れていた BONDS_calc_force_spring_i を bonds.c に移動。
test-all.c に fastSI 関係を入れる。
順序による挙動の変化に遭遇。
eps が微妙に変化している。
一つ間違い発見: BD_imp の z[] の初期化をしていなかった。
BD_imp_init 時に calloc にしておく。
test 用の BD_imp 設定時にも陽に zero clear しておく。
まだ、若干の順序依存が出ている……調査中。
7/26/2008: 終了(とする)。