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Interaction networks in yeast define and enumerate the signaling steps of the vertebrate aryl hydrocarbon receptor
PLoS Biol 2004 Mar;2(3):E65
結構いい感じのネットワーク解析なお話．AHR depend reporter を deletion mutant にぶち込んで，wt と有意に差が出る deletion を探すと言う例の方法．ただし，解析方法が面白いと思った．
- DIP から，見つけ出した (deleted)gene だけで，構成される部分ネットワークを抜き出し，
- 既知の AHR modifiers に印をつけ
- その既知 AHR modifiers を足場に，ネットワークをクラスタリング
- クラスタの意味を生物学的に探る
という感じで解析を進めている．もちろん，各クラスタには面白い意味が隠れていた．
遺伝子ネットワーク・既存の知識・実験技法それぞれが，いい感じでミックスされており，とても面白く読めた
昨日の勝負
引き分けかな? まぁ，丸呑みされると期待するのは尼甘ちゃんすぎるとは思っていたけどね．
