The package must be rebuilt with conda-build > 2.0
conda build -c r --prefix-length 80 r-cgdsr
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Drug Bank なるサイトを発見.曰
The DrugBank database is a unique bioinformatics and cheminformatics resource that combines detailed drug (i.e. chemical, pharmacological and pharmaceutical) data with comprehensive drug target (i.e. sequence, structure, pathway) information. The database contains nearly 4100 drug entries including >700 FDA-approved small molecule drugs, 110 FDA-approved biotech (protein/peptide) drugs, >100 nutraceuticals and >3200 experimental drugs. Additionally, more than 15,000 protein (i.e. drug target) sequences are linked to these drug entries.興味深い内容に思えるので,細かくチェックしてみよう.
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CDKを利用して Molfileの読み込み(書き込み)ではまった.Molfile では化学構造を保ったままグループ化表記することが出来る(-O-CH3 と描かずに -OMe と描ける.-O-CH3 という情報は消えない)が,以下のようなプログラムを通すと,OMe という原子を Molfile に書き出してしまった.
PerlMol は Charge のハンドリングに問題あるし,ナカナカ良い製品は無いですね.今回の経験を元に商用製品を当たってみよう
IteratingMDLReader reader = new IteratingMDLReader(new FileReader(input));
while(reader.hasNext()){
Molecule mol = (Molecule)reader.next();
MDLWriter writer=null;
writer = new MDLWriter(ow); /* ow は FileOutputStream */
writer.writeMolecule(mol);
ow.write(delimiter); /* delimiter は "$$$$\n" */
}