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ケモインフォクックブック

2008-10-19

化合物の描画をしたい

pybelには簡単に構造描画をするためのメソッドが用意されています。

ただし、このメソッドを使うためにはPILOASAの2つのライブラリが必要なので別途インストールしておきましょう。

import pybel
mymol = pybel.readstring('smi','CCOC(=O)C1=C(NC(=C(C1C2=CC=CC=C2Cl)C(=O)OC)C)COCCN')
mymol.draw(filename="norvasc.png", show=False)

とたった数行でSMILES形式の化合物が画像として描画されます。

f:id:kzfm:20081019202918p:image

OASAライブラリのほうで二次元の座標は計算してくれますが構造がかぶったりしたときの処理はこれから改善されていくとよいですね。

ちなみに今回サンプルとして使用したノルバスクは高血圧の薬で、塩を含んでいますが今回は除きました。

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