三中信宏
（2006年7月20日刊行，講談社［現代新書1849］，296 pp.， ISBN:4061498495）
【口上】
本書は「生物学が歴史学と融け合う場」を描こうとする．自然科学はいつの頃からか人文科学と袂を分かってしまった．生物学の過去を振り返ると，実験や観察に基づく「実証的」とされるアプローチが力を得て，ナチュラル・ヒストリー的なスタンスを軽視する風潮が強かった．しかし，生物の過去の歴史（系統発生）を復元し，その変遷（進化過程）を考察する進化学が進展するとともに，再び「歴史」が最前面に出てくるようになった．皮肉なことに，ゲノム科学に代表される分子生物学が時代の脚光を浴びている現在においても，生物の「歴史」が真の目標であることは必ずしも広く認識されているとはいえない．本書では，系統発生を表すイコンとしての「系統樹」をキーワードとして，生物学だけでなく神学・哲学・言語学・文献学・民俗学・認知科学・数学・コンピュータサイエンスなどに及ぶ分野横断的な視点に立って，系統樹が人間の思考のすみずみにまで浸透しているという事実を指摘し，「系統樹的思考法」がわれわれが思いこんでいる以上に広く深く浸透していることを示したい．そして，系統樹を通じて自然科学が本来もっている「歴史科学的視点」を復権させることを目論んでいる．この主張を自然科学と人文科学の異種融合と捉えるのは正しくない．歴史的に見るならば，もともと両者は一体だったのだから．
→著者ページ．
【目次】プロローグ：祖先からのイコン――躍動する「生命の樹」 11
第１節：あれは偶然のことだったのか…… 13
第２節：進化的思考――生物を遍く照らす光として 15
第３節：系統樹的思考――「樹」は知の世界をまたぐ 19
第４節：メビウスの輪――さて，これから彷徨いましょうか…… 28第１章：「歴史」としての系統樹――科学の対象としての歴史の復権 33
第１節：歴史はしょせん闇の中なのか？ 35
第２節：科学と科学哲学を隔てる壁，科学と科学を隔てる壁 48
第３節：アブダクション：真実なき探索――歪んだガラスを覗きこむ 55
第４節：タイプとトークン――歴史の「物語」もまた経験的にテストされる 66第２章：「言葉」としての系統樹――もの言うグラフ，唄うネットワーク 83
第１節：学問を分類する――図像学から見るルルスからデカルトまで 85
第２節：「古因学」――過去のできごととその因果を探る学 95
第３節：体系学的比較法：その地下水脈の再発見――写本，言語，生物，遺物，民俗…… 104
第４節：「系統樹革命」――群思考と樹思考，類型思考と集団思考 113インテルメッツォ：系統樹をめぐるエピソード二題 131
第１節：高校生が描いた系統樹――あるサイエンス・スクールでの体験 133
第２節：系統樹をとりまく科学の状況――科学者は「真空」では生きられない 143第３章：「推論」としての系統樹――推定・比較・検証 161
第１節：ベストの系統樹を推定する――樹形・祖先・類似性 163
第２節：グラフとしての系統樹――点・辺・根 168
第３節：アブダクション，再び――役に立つ論証ツールとして 176
第４節：シンプル・イズ・ベスト――「単純性」の美徳と悪徳 181
第５節：なぜその系統樹を選ぶのか――真実なき世界での科学的推論とは？ 189第４章：系統樹の根は広がり続ける 209
第１節：ある系統樹的転回――私的回顧 211
第２節：図形言語としての系統図 217
第３節：系統発生のモデル化に向けて 222
第４節：高次系統樹――ジャングル・ネットワーク・スーパーツリー 232エピローグ：万物は系統のもとに――クオ・ヴァディス？ 251
第１節：系統樹の木の下で――消えるものと残るもの 253
第２節：形而上学アゲイン――「種」論争の教訓，そして内面的葛藤 257
第３節：系統樹リテラシーと「壁」の崩壊 261
第４節：大団円――おあとがよろしいようで…… 263あとがき 267
さらに知りたい人のための極私的文献リスト [291-273]
索引 [295-293]
