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2010-08-30 Galaxy ブクマの代わりにつぶやいておくよ

つらつらと Galaxy 関連の URL を貼るだけのエントリー

Galaxy の説明もしない俺得エントリー (?)

Galaxy とは

Galaxy: a comprehensive approach for supporting accessible, reproducible, and transparent computational research in the life sciences | Genome Biology | Full Text

の論文を参照☆

Galaxy, a stride towards reproducible computational research | The OpenHelix Blog

上記論文を引用している OpenHelix Blog のエントリー。

Galaxy web service

http://main.g2.bx.psu.edu/

http://galaxy.fml.mpg.de/

http://hyperbrowser.uio.no/hb/

クローンが各地にあるっぽい。派生版もある?

クローンでのツールが多少異なるのはバージョン違いか個性のどちらかだろうけど、今のところ見分けがつかない。。

http://main.g2.bx.psu.edu

Galaxy | Published Page | NGS Analysis Service

Galaxy Project on Vimeo

Galaxy | Published Page | Finding Heteroplasmic Sites

自分もヘテロプラスミーやるかもしれないのでメモ。

Galaxy Developer Conference 2010 Slides

galaxy / galaxy-central / wiki / DevConf2010 — Bitbucket

  • Deploying Galaxy on the Cloud - Enis Afgan
  • Integrating and Scaling Analysis Tools - Dan Blankenberg
  • Building Scalable Galaxy - Nate Coraor
  • Galaxy data libraries and sample tracking at NGS facilities - Greg Von Kuster
  • Next-generation sequencing request management system in Galaxy -- Slideshare - Brad Chapman
  • Building Custom Genome Browsers with Galaxy Trackster - Kanwei Li
  • Reproducibility & Transparency: Workflows and Pages - Jeremy Goecks
  • ZFS for NGS data analysis - Davide Cittaro
  • Do-It-Yourself Bioinformatics with the FMI Galaxy Server - Hans-Rudolf Hotz
  • Cistrome Project: An Integrative Platform to Analyze ChIP-chip/seq Data - Tao Liu
  • Transcriptome Analysis with Galaxy - Gunnar Rätsch
  • DBCLS Galaxy: A Galaxy Service to integrate databases in Japan - Atsuko Yamaguchi
  • MPI EVA: High-throughput sequencing of ancient and modern DNA samples - Martin Kircher
  • Enabling Galaxy to access web services (accessing external resources with point and click) - Jessica Kissinger
  • Galaxy Internationalization (i18n) and Localization (L10n) - Mitsuteru Nakao
  • Mercurial for Galaxy Admins - Ry4an Brase
  • Composite Datatypes in Galaxy - Ross Lazarus
  • Useful and Usable - Assaf Gordon

メーリングリスト

galaxy-dev Info Page

Galaxy 本体サイト bitbucket.org

3つのブランチに分かれた構成になっている。

galaxy / galaxy-central / wiki / Home — Bitbucket

Main development repository for Galaxy. Active development happens here, and this repository is thus intended for those working on Galaxy development. See http://bitbucket.org/galaxy/galaxy-dist/ for a more stable repository intended for end-users.

galaxy / galaxy-dist — Bitbucket

epository containing latest version of galaxy that is intended for end user use. Normally this has passed functional tests on multiple platforms and is the version running on http://main.g2.bx.psu.edu.

galaxy / cloudman — Bitbucket

Galaxy CloudMan

Galaxy を Amazon のクラウドサービスで動かす、とかどっかにあったのでそれ関連?

galaxy / galaxy-central / wiki / Home — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / DataLibraries / Tutorial / DataLibrariesSampleTracking — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / ISMB2010 GalaxyTutorial 3 RunningYourOwn — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / Share your Galaxy items with other people — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / cloud — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / ToolConfigSyntax — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / WritingTests — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / DataSources — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / Config / ToolData / AddMAFs — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / AddingDatatypes — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / SecurityFeatures — Bitbucket

galaxy / galaxy-central / wiki / Config / Eggs — Bitbucket

NGSLocalSetup

synonymous-and-non-synonymous-snps

galaxy / galaxy-central / wiki / DataLibraries / UploadingFiles — Bitbucket

404 — Bitbucket

NGS 用ツールのパーザーレポジトリかな?

no title

やりたいことのほぼ全てなワークフローじゃないすか

no title

ワークフロー一覧

GMOD サイト内にある Galaxy 用フォーラム

GMOD - Galaxy

GMOD - Galaxy Users | Mailing List Archive

GMOD - Galaxy Development | Mailing List Archive

Galaxy Development - New version for snpEff tool

Galaxy Development - Tool Integration: SOAPaligner/soap2

no title

Community site. ユーザーの開発したツールがアップされる場所みたい。


etc

KazusaAPI開発日誌のGalaxyカテゴリー

DBCLS Galaxyではじめるゲノムスケールデータの…*1

lectures_Galaxy-CSHL-2010

Manipulation of FASTQ data with Galaxy | Bioinformatics | Oxford Academic

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/commandline.html

Galaxy にも入ってる FASTQ操作コマンドライン詰め合わせ

Category:NBIC Galaxy - BioAssist NCBI の Galaxy グループのメモ

…ほう。

*1:なぜか"共同研究"って入れるとはてながおかしくなるので省略…

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