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2007-12-18

第8回オープンバイオ研究会を開催しました。

お台場科学未来館で開催中の JSBi2007 のポスターセッションと並行して、第8回オープンバイオ研究会を開催しました。JSBi2007の事務局のかたのご協力でスムーズに開催することができました。ありがとうございます。

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3トラック x 2イテレーション分のスケジュールを用意したなかで、セッションの選択をおこない、4件のセッションをおこないました。セッションはおおまかにウェブ系と配列解析系の二系統。

ウェブ系のセッションの内容は、(1)AutoPagerizeの紹介、使い方、対応する方法、(2)ウェブサービスバイオハッカーソンの紹介、でした。

AutoPagerize については、 microformats で AutoPagerize に対応してみる。 - KazusaAPI開発日誌 - KDRIグループ にそってすすめました。Google 検索の結果をスクロールするだけでずるずる検索結果がつぎたされるようすはかなりインパクトがあるようです。この UI を自分で公開しているサービスに適用するのも簡単だという内容までやりました。途中で、maicroformats とは何か、が質問がおおかったです。バイオインフォマティクス方面で利用できる microfrmats は何かありそうな予感を感じさせました。

また、AutoPager は下の方向にはつかえるが、リンクリストの様なデータの隣りにどちらの方向でも移動できるような UI に応用できるのでは?というアイデアがありました。これができるよ、ゲノム上の遺伝子のページを隣接のものへとスクロールできるインターフェイスができそうですが、消化しきれませんでした。

ウェブサービスバイオハッカーソンの紹介は、DBCLS としての片山さんを中心に 2月に企画している BioHacharthon についてでした。内外のバイオウェブサービス開発者提供者を中心に 40 名ほど招待して一週間のハッカーソンをおこないます。メソッドやオブジェクト名の標準化や各言語での対応ライブラリの開発を目指しています。

このような標準化が達成できると、それを基盤として、ワークフローの設計や実行のためのアプリケーションの開発が安心して進められるだろうという期待が大きいようです。

配列解析系のセッションの内容は、(1)高速相同性検索の紹介、(2)モチーフ検索の紹介、でした。

相同性検索の内容は、フォローしていないので、どなたかレポートよろしくおねがいします。聞きかじりでは、類似性を許したハッシュ関数をもちいるとのことです。

モチーフ検索は市瀬さんの開発している HEGMA: Discover motif sites in large DNA sequences の紹介でした。div でヒストグラムを描画していました。

セッション終了後にはお台場のほうのお店に移動して、15名程で夜の部を開催しました。

参加者の中には、ポスターセッションと同時でなく、時間を取ってもらった方が良いとの意見を頂きました。そういうことは JSBi のオーガナイザーの方次第なので、来年に向けていままでと同様に働きかけていこうと思います。

なお、次回の研究会はおそらく3月ごろになるとおもわれます。例年通りなら北陸での開催となることでしょう。

(個人的な)KPT

Keep
  1. プレゼンをする。
  2. 運営にかかわる。
  3. マグネット式のホワイトボードレイヤー導入。
Problems
  1. 思ったより参加者が集まらなかった。
Try
  1. 開催告知宣伝をより多くする。

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