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研究開発創作日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2009-03-07 SGMJ2009

中尾光輝、金子貴一、小原光代、岡本忍、藤澤貴智、田畑哲之、中村保一「CyanoBaseとRhizoBase:新型微生物ゲノムデータベース」第3回日本ゲノム微生物学会年会

2009/03/05-07に中央大学後楽園キャンパスで開催された第3回日本ゲノム微生物学会年会セッション 7 - 5  データベースで口頭発表をしました。口頭発表者もポスターを掲示できるのでポスターの掲示をおこないました。

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CyanoBaseRhizoBase:新型微生物ゲノムデータベース

○中尾光輝1、金子貴一1、小原光代1、岡本忍1、藤澤貴智1、田畑哲之1、中村保一1,2

1かずさディー・エヌ・エー研究所、2国立遺伝学研究所

年会プログラム(PDF)

CyanoBaseRhizoBase の新型システムを紹介する。かずさディー・エヌ・エー研究所では、シアノバクテリアゲノムデータベース CyanoBasehttp://genome.kazusa.or.jp/cyanobase)と根粒菌ゲノムデータベース RhizoBasehttp://genome.kazusa.or.jp/rhizobase)をそれぞれ1995 年、2000年から開発と運用をつづけている。現在CyanoBase には 34 種のゲノムRhizoBase には 16 種のゲノムが登録されている。ゲノムデータベースは、ゲノム配列クローンといった分子情報と、遺伝子(ORFやタンパク質)を中心とした構造と機能アノテーション、機能予測ホモロジー情報を提供している。それらへのアクセス性と再利用性の向上を目標にした開発をすすめた。アクセス性の向上のためには、階層関係にあるデータにその階層に即したアドレスURL)とリンクのあり方を設計し、全体的に適用した。そのようにすると、たとえば、遺伝子リストのページと各遺伝子のページの関係データベース中のリンク構造分子生物学概念が一致し、たどりやすくなる。再利用性の向上のためには、データに即したビュー(表示形式)ごとのページの提供、同一データを複数の形式で提供する機能を開発した。たとえば、ある遺伝子産物に予測されたタンパク質機能ドメインの表は、その遺伝子ページに埋め込まれているが、表だけを表示することや、機能ドメインの配置を図示した画像だけを表示することが可能となった。

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KPT

Keep
  1. 口頭発表する。
  2. ポスターはA4印刷
  3. 笑えるポイントを差し込む。
Problem
  1. スライドをに話題を詰め込みすぎて早足で話してしまった。
  2. ワードクラウドが一部で不評だった。
Try
  1. トピックを絞る、もしくはいわゆるワンフレーズに落としこむ。受け入れられる準備のあるテーマを優先的に話す。
  2. 反射的に否定する人は一定数いるので、みたことの無いようなものを紹介するときはより慎重にする。

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