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研究開発創作日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2010-05-14

Katayama T, Nakao M, Takagi T. (2010) TogoWS: integrated SOAP and REST APIs for interoperable bioinformatics Web services, Nucleic Acids Res. 2010 May 14. (Annual Web Server Issue 2010)

TogoWS論文が Nucleic Acids Research の Web Server Issue に掲載されました。

ウェブサーバ特集号なので、サンプルコード多めで書きました。幅の長くなりがちな URL が多めなので、PDF版 より HTML 版の方が読みやすいと思います。ぜひ、HTML 版でサンプルコードURL の例示をひとつづつ動作確認をしてみてください。

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TogoWS バイオインフォマティクスウェブサービスの使いにくいところを改善するサービスです。ユーザは使い方のととのったデータベースエントリ取得/検索REST API統合されたSOAP WSDLを利用できます。SOAP サービスの利用時にあると便利な、四大プログラミング言語を網羅したサンプルコードメソッドレベルのサービス死活モニターメソッドレベルのドキュメント提供しています。

REST APIデータベースエントリパーザ機能をもち、フォーマット指定とフィールド値取得が可能な点がほかに無い特徴です。いわば、サーバサイド BioRuby というかデータベースエントリパーザのクラウド化といえるでしょう。

TogoWSDBCLS の基盤チームの立ち上げのころからはじまったプロジェクトです。それ以前からあったウェブサービス相互運用性についての活動の流れで KEGG API をつくっていた HGC の片山さんとサービス設計を議論しました。この議論はのちに BioHackathon 2009ウェブサービスマニフェストにつながっていきます。

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