第４章 「1.解析プラットフォーム紹介【中尾光輝／藤澤貴智】」実験医学増刊 Vol.29 No.15「使えるデータベース・ウェブツール」
有田正規さん編纂による実験医学増刊号「使えるデータベース・ウェブツール」に、DDBJ の藤澤さんといっしょに記事を執筆しました。解析プラットフォーム GalaxyやBioMart、Cytoscape活用の解説です。
Galaxyの説明のところでは、いわゆる Galaxy で彼女ができた、という都市伝説が、いつのまにか原稿から消えていました。文字数の都合とかそういう、そういうものです。
実験医学 増刊 29―15―日本発のデータベース戦略から,ゲノム・疾患情報の有 使えるデータベース・ウェブツール (実験医学増刊 Vol. 29-15)
- 作者: 有田正規
- 出版社/メーカー: 羊土社
- 発売日: 2011/09/01
- メディア: 単行本
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The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applications, Journal of Biomedical Semantics 2011, 2:4
バイオハッカソン2009の活動報告としてのレビュー論文が出版されました。
Review
The 2nd DBCLS BioHackathon: interoperable bioinformatics Web services for integrated applicationsToshiaki Katayama*, Mark D Wilkinson, Rutger Vos, Takeshi Kawashima, Shuichi Kawashima, Mitsuteru Nakao, Yasunori Yamamoto, Hong-Woo Chun, Atsuko Yamaguchi, Shin Kawano, Jan Aerts, Kiyoko F Aoki-Kinoshita, Kazuharu Arakawa, Bruno Aranda, Raoul JP Bonnal, José M Fernández, Takatomo Fujisawa, Paul MK Gordon, Naohisa Goto, Syed Haider, Todd Harris, Takashi Hatakeyama, Isaac Ho, Masumi Itoh, Arek Kasprzyk, Nobuhiro Kido, Young-Joo Kim, Akira R Kinjo, Fumikazu Konishi, Yulia Kovarskaya, Greg von Kuster, Alberto Labarga, Vachiranee Limviphuvadh, Luke McCarthy, Yasukazu Nakamura, Yunsun Nam, Kozo Nishida, Kunihiro Nishimura, Tatsuya Nishizawa, Soichi Ogishima, Tom Oinn, Shinobu Okamoto, Shujiro Okuda, Keiichiro Ono, Kazuki Oshita, Keun-Joon Park, Nicholas Putnam, Martin Senger, Jessica Severin, Yasumasa Shigemoto, Hideaki Sugawara, James Taylor, Oswaldo Trelles, Chisato Yamasaki, Riu Yamashita, Noriyuki Satoh and Toshihisa Takagi
Journal of Biomedical Semantics 2011, 2:4 doi:10.1186/2041-1480-2-4
The Power of Open 日本語版
クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの活用事例集 The Power of Open の翻訳に参加しました。
この本は、いろいろなクリエイティブの現場で創造物のライセンスにクリエイティブ・コモンズ・ライセンスをつかって成功している事例紹介です。どんな分野でつかわれているの？ つかうことで何が得られたの？ トレードオフは？ という疑問に答えられる内容となっています。
印刷版PDFでは、CC-BY ライセンスの写真を実際に再利用し、冊子自体が Reuse 事例になっているところがひそかに注目するところでしょうか。
ライフサイセンス統合データベースセンターを退職しました
特任研究員の任期満了にともなって、ライフサイセンス統合データベースセンターを退職しました。
ライフサイセンス統合データベースセンターでは、基盤技術開発チームにてバイオハッカソンの開催、サービスの開発（TogoWS、TogoDB、DBCLS Galaxy、First Author's、#LSQAなど）に参加しました。
「データ統合とサイバーインフラストラクチャ」JSBi 第1回 応用システムバイオロジー研究会
応用システムバイオロジー研究会で講演しました。
データ統合とサイバーインフラストラクチャ
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JSBi 第1回 応用システムバイオロジー研究会 プログラム
改変OK？ 許可は必要？ 何を明示すればいい？いまさら聞けないクリエイティブコモンズ……永井 幸輔，中尾 光輝，平田 雄一，渡辺 智暁、WEB+DB PRESS Vol.59、技術評論社
Creative Commons ライセンスの利用についての記事を執筆しました。
- ISBN 978-4-7741-4389-7
- http://gihyo.jp/magazine/wdpress/archive/2010/vol59
- 作者: 竹内真,猪狩丈治,矢野りん,中島拓,伊藤敬彦,角田直行,はまちや2,柄沢聡太郎,田中正裕,梶原大輔,藤本真樹,増井俊之,加藤幹生,藤澤瑞樹,木村俊也,永井幸輔,中尾光輝,平田雄一,渡辺智暁,藤吾郎,原悠,浜本階生,八柳幹太郎,uupaa,塙与志夫,ミック,大沢和宏,中島聡,WEB+DB PRESS編集部
- 出版社/メーカー: 技術評論社
- 発売日: 2010/10/23
- メディア: 大型本
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BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language, Bioinformatics (2010) 26 (20): 2617-2619.
BioRuby の論文が出版されました。
Bioinformatics. 2010 Oct 15;26(20):2617-9. Epub 2010 Aug 25.
BioRuby: bioinformatics software for the Ruby programming language.
Goto N, Prins P, Nakao M, Bonnal R, Aerts J, Katayama T.
