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研究開発創作日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2009-03-28 OpenBio11

第11回オープンバイオ研究会を開催しました

2009/03/27-28に人工知能学会分子生物情報研究会(SIG-MBI)と共催で第11回オープンバイオ研究会を開催しました。

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今回は4コマプレゼンポスターという発表形式でおこないました。4コマプレゼンポスター形式は今回の研究会のために発案されたものです。これまでのハンズオンセミナー、オープンスペースプログラミングコンテストなどを経て、あたらしい地平をめざしてみました。

参加者はもれなく4コマポスタープレゼンをしていただきます。4コマプレゼンとは、誰が思いついたかしらないが、起承転結のようにストーリーを四枚の画面で発表するプレゼン技法です。ポスターとしてA4四枚やA4両面二枚に印刷して持参していただきます。もちろん、4台の MacBook を持ち込んで並べるなど創意工夫も歓迎します。

3月27日28日に第11回オープンバイオ研究会を開催します。 - 研究開発創作日誌

参加者の皆様はポスターをちゃんと紙に印刷して持参しており、会場には書画カメラが設置されていたので、全員にプレビューしていただきました。ちょうどA4 4枚持参しているので、だいたい一人5分くらいのライトニングトークのようにスムーズな進行でこれはいいかんじ。参加者が11人でしたので、ちょうど一時間で終了。

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プレビュー後は、パネルに掲示して、普通ポスターセッションを行いました。さきほどのプレビュー自己紹介として良い方向に作用してポスターでの議論が盛んに行われていました。

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ポスターセッションの全員プレビューといえば、恵比寿時代のGIWが思い出されます。あのころは、OHP一枚もって一列に並んで、1分くらい述べるのが一時間くらい続くなかなかつらい時間でしたが、いい経験だったとおもいます。

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4コマプレゼンポスター形式は、今回は参加者の盛り上がりから成功したといえます。ふつうポスターセッションでも、トークでも達成できないコミュニケーションが達成できました。10名くらいの規模で研究交流会をするときに有効な形式であるとおもいました。

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似たような形式としては、ポジションペーパ形式ライトニングトークがあげられます。わりときつい制約があるのは共通点です。ちがいは、ポジションペーパーは一枚で全員に配布しなければいけないし、ライトニングトークは5分間という時間が重視されています。

4コマプレゼンポスター形式はポータブルであるといえます。今回はパネルを準備していただけましたが、4枚程度だと、机にならべても十分閲覧できるので、場所を選ばない形式かもしれません。また、プレビューのための書画カメラが準備できないときは、印刷と同時にPDFにも出力しておけば、通常のプロジェクタでもプレゼンが可能です。機材の要求が低いというのも良い点だといえます。


KPT

Keep
  1. 研究会を開催する。
  2. 4コマポスター+全員プレビュー
Problem
  1. 当日まで進行がきまっていなかった。
Try
  1. 事前に進行を考えておく。

2009-03-15

BioHackathon 2009 Symposium

東京大学武田記念先端ホールにて BioHackathon 2009 Symposium を開催いたしました。

2009-03-07 SGMJ2009

中尾光輝、金子貴一、小原光代、岡本忍、藤澤貴智、田畑哲之、中村保一「CyanoBaseとRhizoBase:新型微生物ゲノムデータベース」第3回日本ゲノム微生物学会年会

2009/03/05-07に中央大学後楽園キャンパスで開催された第3回日本ゲノム微生物学会年会セッション 7 - 5  データベースで口頭発表をしました。口頭発表者もポスターを掲示できるのでポスターの掲示をおこないました。

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CyanoBaseRhizoBase:新型微生物ゲノムデータベース

○中尾光輝1、金子貴一1、小原光代1、岡本忍1、藤澤貴智1、田畑哲之1、中村保一1,2

1かずさディー・エヌ・エー研究所、2国立遺伝学研究

年会プログラム(PDF)

CyanoBaseRhizoBase の新型システムを紹介する。かずさディー・エヌ・エー研究所では、シアノバクテリアゲノムデータベース CyanoBasehttp://genome.kazusa.or.jp/cyanobase)と根粒菌ゲノムデータベース RhizoBasehttp://genome.kazusa.or.jp/rhizobase)をそれぞれ1995 年、2000年から開発と運用をつづけている。現在、CyanoBase には 34 種のゲノム、RhizoBase には 16 種のゲノムが登録されている。ゲノムデータベースは、ゲノム配列、クローンといった分子情報と、遺伝子(ORFやタンパク質)を中心とした構造と機能アノテーション、機能予測、ホモロジー情報を提供している。それらへのアクセス性と再利用性の向上を目標にした開発をすすめた。アクセス性の向上のためには、階層関係にあるデータにその階層に即したアドレス(URL)とリンクのあり方を設計し、全体的に適用した。そのようにすると、たとえば、遺伝子リストのページと各遺伝子のページの関係がデータベース中のリンク構造と分子生物学的概念が一致し、たどりやすくなる。再利用性の向上のためには、データに即したビュー(表示形式)ごとのページの提供、同一データを複数の形式で提供する機能を開発した。たとえば、ある遺伝子産物に予測されたタンパク質機能ドメインの表は、その遺伝子ページに埋め込まれているが、表だけを表示することや、機能ドメインの配置を図示した画像だけを表示することが可能となった。

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KPT

Keep
  1. 口頭発表する。
  2. ポスターはA4印刷
  3. 笑えるポイントを差し込む。
Problem
  1. スライドをに話題を詰め込みすぎて早足で話してしまった。
  2. ワードクラウドが一部で不評だった。
Try
  1. トピックを絞る、もしくはいわゆるワンフレーズに落としこむ。受け入れられる準備のあるテーマを優先的に話す。
  2. 反射的に否定する人は一定数いるので、みたことの無いようなものを紹介するときはより慎重にする。

2008-12-16 JSBi2008, OpenBio10

第10回オープンバイオ研究会を開催

JSBi2008 の会場で第10回オープンバイオ研究会を開催しました。メインセッションと同時刻に開催したので、集まりは例年と比べると1/3ほどの約10名でした。事前に募集していたトピックやライトニングトークをフリーな感じですすめました。

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会場は503会議室。JSBi2008 からお借りしました。毎年ありがとうございます!

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会場前でオープンスペースのトピックやラインとニングトークを募集中。

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はじめに、二階堂さんによるオープニングトーク。今回は10回目なのです。

つぎに、川路さんによる今日の進め方。オープンスペース的なものとライトニングトーク的なものを並べて、順番をきめました。

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GBrowse conf のオープンスペース的なもの。

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プロジェクターが二台利用できたので、ustream.tv のチャットを表示してました。

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講演者の一によってはチャットがこんな状態に。

つづきは ustream.tv の録画で。

Live Broadcast by Ustream.TV


ふりかえり

Keep
  1. JSBi で研究会を開催する。
  2. ホワイトボードの利用。
  3. プロジェクターの利用。
  4. ustream での配信。
  5. ustream での録画。
  6. ustream のチャットを二個目のプロジェクターで投影
Problem
  1. 連絡事項で齟齬があった。
  2. メインセッションの裏でやったので人がすくなかった。
  3. ネットワーク回線の確保に手間取った。
Try
  1. 対応するひとを一人に集中する。
  2. はやめに調整する。
  3. 利用可能なネットワークを事前に確認しておく。

中尾光輝「Galaxyの紹介」、第10回オープンバイオ研究会ライトニングトーク

ゲノム解析ワークフロー Galaxy を紹介しました。くわしくはスクリーンキャストを見てください。録画の 01:30 から 01:39 あたりです。

2008-12-12 BMB2008

中尾光輝、岡本忍、藤沢貴智、中村保一(かずさDNA研究所)かずさアノテーション:持続可能な遺伝子アノテーション整備のための新型システム

2008/12/09-12に神戸で開催されたBMB2008でポスター発表をしました。

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かずさアノテーション:持続可能な遺伝子アノテーション整備のための新型システム

Kazusa Annotation suite: new generation gene annotation system.

中尾光輝、岡本忍、藤沢貴智、中村保一(かずさDNA研究所)

かずさアノテーション(http://a.kazusa.or.jp/)は、複数のウェブアプリケーションから構成する遺伝子アノテーションの維持(追加や編集)や利用(集約や分配)のためのシステムである。このシステムの設計のために、遺伝子アノテーションのライフサイクルの分析をおこない、よりよいアノテーション整備に必要な性質:検索性や到達性、維持性、再利用性を向上するための機能をもつことを目指した。よいアノテーションシステムには、すばやく目的のアノテーションを検索できること(検索性)、目的のアノテーションをいつでもどこからでも参照できること(到達性)、かんたんに追加編集などの維持作業がおこなえること(維持性)、必要なアノテーションだけ取り出して再利用できること(再利用性)が必要である。

さらに、かずさアノテーションでは、アノテーション単位を再定義し、既存の遺伝子アノテーションから、たんなるメモ書きのようなものまでを記述可能にし、検索、集約可能にしている。それによって、ゲノムプロジェクトにおける遺伝子アノテーション整備作業から日常的な論文の抜き書きやメモまでを同一システム上で扱うというスケール性を実現した。

かずさアノテーションは、これらの設計に基づく機能をソーシャル・ウェブ・アノテーションやソーシャル・ブックマークの仕組みのうえに実装している。

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KPT

Keep
  1. 発表する。
  2. A4 印刷
Problem
  1. 聴衆が少なかった。(ポスター件数が多すぎる、テーマが分散しすぎてる、内容がしょぼい?)
  2. ポスターの作成に手間取る。分類の概念が直行しているか不安。
  3. OmniGraffleでは透過色のオブジェクトに陰をつけると、陰が透過して汚くなる。
Try
  1. より多くのひとの耳にとどけるために、口頭発表に採択されるようにする。
  2. 普段から、着想を解析し分析し、言語化する。

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