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研究開発創作日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2011-02-28 JSBi 第1回 応用システムバイオロジー研究会

2009-12-03

中尾光輝「ライフサイエンス統合データベースの課題:権利と法律、技術」CBRCワークショップII, Bioinformatics Week in Odaiba 2009

BiWO2009情報統合データベースセッションで講演しました。

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の活動の紹介と活動を通して得られた課題とそこへの取り組みについて話しました。主にライセンス技術的な話題で、大事な事は標準を使いましょうということです。ライセンスクリエイティブ・コモンズ・ライセンス技術W3など標準技術。また、公開と共有は違うということも強調しました。法律の話題は翌日の大久保教授の講演に丸投げしてしまいました。

質問では、組織の公開文章やコンテンツクリエティブ・コモンズライセンスを使いたいけど上部組織をどうやって説得するとよいのか?DBCLSはどうやってROISを説得したのか?というものがありました。なかおはそのプロセスの詳細を知らなかったので答えられませんでしたが、このような実際に導入するときに参考になるようなコンテンツを作っていく必要があるということがわかります。

講演後に、ライセンスについてこういった話は初めて聞いたという感想や、クリエイティブ・コモンズライセンスを初めて知ったという話や、長らくソフトウェアを公開しているけどライセンスは難しくて何を選べばいいのかわからないという話を受けました。

興味や関心はあるけど、わかりにくいという状況だとあらためてわかった次第です。宣伝をして認知度をあげたり感心を引くという時期はとっくに過ぎていて、感心のある人がいかに容易く導入できるかについてどのようなことができるのか、必要なのかに取り組む必要があります。

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デモも行いました。

翌日には大久保DDBJセンター長が招待講演をされました。

紹介したサービスなど

2009-06-26 第23回システムバイオロジー研究会

中尾光輝「BioHackathon 2009 レポート」第23回システムバイオロジー研究会

東大医科研で開催された第23回システムバイオロジー研究会にて BioHakcathon 2009 の発表をしてきました。オーガナイザーの理研の川路さん、ありがとうございます。

BioHackathon 2009 レポート

中尾光輝 (ライフサイエンス統合データベースセンター)

ライフサイエンスにおけるデータ共有、特にワークフローを実現するためのウェブサービスを通したデータ交換の改善を目的として、過去二回にわたり国際ワークショップBioHackathon を開催している。

DBCLSとOISTの共催で今年3月に開催した BioHackathon 2009では、新型シーケンサーによる大量データの扱いにまつわる課題について、巨大データの扱い、データ共有、ウェブサービス、可視化、ワークフロー/パイプライン、セマンティックウェブ、アノテーションなどの観点において、データを生産している研究者、ツールの開発者、サービスの提供者によって実世界でのユースケースをまじえて議論され、解決可能な課題の境界面ではツールやサービスの仕様策定や実装をおこなった。そのなかでも本研究会に関係の深いトピックについて掘り下げて紹介したい。成果物はWiki http://hackathon2.dbcls.jp にまとめられている。

第23回システムバイオロジー研究会

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研究会後は目黒駅前で懇親会。いろいろなラボのいろいろなひとと話ができて大変盛り上がりました。

2009-06-12 Symposium2009

BioHackathon 2009実行委員会 「BioHackathon 2009 レポート」統合データベースプロジェクトシンポジウム2009

文科省 統合データベースプロジェクトのシンポジウムでBioHackathon 2009 実行委員会としてポスター発表しました。

タイトル

BioHackathon 2009 レポート

名前

○中尾光輝1),BioHackathon 2009 実行委員会1,2,3)

所属

1)情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター,2)沖縄科学技術研究基盤整備機構,3)東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

要旨

BioHackathon 2009 は、沖縄科学技術研究基盤整備機構 OIST とライフサイエンス統合データベースセンターDBCLSの共催で2009年3月に沖縄県恩納村 OIST Seaside Houseにて開催された、国内外から50人以上のライフサイエンス研究者、バイオインフォマティクス研究者、サービス提供者、開発者を招待し、次世代シーケンサからの巨大データ処理の上流から下流にわたる解析、アノテーション維持、データ共有、ワークフロー構築にまつわる困難さに標準化、可視化、ウェブサービス、相互運用性技術やセマンティクウェブ技術を用いて取り組む合宿型研究会である。扱ったトピックは多岐に渡り、具体的に直面している課題についての議論や意見交換が行われ、集中的に取り組み、具体的なプロダクトやコラボレーションにつながる非常に生産性の高い研究会となった。そのレポートをおこなう。開催時のまとめWiki を公開している: http://hackathon2.dbcls.jp

http://togodb.dbcls.jp/symposium2009/show/78

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予稿集のサイトTogoDB を活用して川本さんが構築されました。すばらしい。

Creative Commons License
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