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研究開発創作日誌 このページをアンテナに追加 RSSフィード

2008-12-17

TogoWS を R からつかってみる。

R で TogoWS をつかってみます。TogoWS REST API 経由での利用によって、データベースレコードフィールドの値が簡単に取り出せます。

関数定義

library(RCurl)

togows_entry <- function(query_string) {
  base_url <- "http://togows.dbcls.jp/entry"
  url = paste(base_url, query_string, sep='/')
  sub("\n$", "",  getURL(url))
}

使い方

エントリー取得。REST API の entry/ 以降を第一引数にしています。

togows_entry('genbank/HUMIGHAF')

http://togows.dbcls.jp/entry/genbank/HUMIGHAF と同等です。


フィールド指定:GenBankレコード

> togows_entry('genbank/HUMIGHAF/definition')
[1] "Human Ig gamma3 heavy chain disease OMM protein mRNA."

http://togows.dbcls.jp/entry/genbank/HUMIGHAF/definition と同等です。


フォーマット指定:UniProt のエントリを GFF で取得

togows_entry('uniprot/A1AG1_HUMAN,A1AG1_MOUSE.gff')

http://togows.dbcls.jp/entry/uniprot/A1AG1_HUMAN,A1AG1_MOUSE.gff と同等です。


PMID の著者リスト取得

> togows_entry('pubmed/16381885/authors')
[1] "Kanehisa, M.\tGoto, S.\tHattori, M.\tAoki-Kinoshita, K. F.\tItoh, M.\tKawashima, S.\tKatayama, T.\tAraki, M.\tHirakawa, M."

http://togows.dbcls.jp/entry/pubmed/16381885/authors と同等です。


まとめ

TogoWS REST API を R からつかってみました。

togows_entry('pubmed/16381885/authors') だけでなく、

  • togows_entry('pubmed', '16381885', 'authors')
  • togows_entry(db = 'pubmed', id = '16381885', field = 'authors')
  • togows_entry('pubmed', c('16381885'), 'authors')

という引数を受け付けたい。

このような方針で entry 以外の search、convert に対応したメソッドをつくって Bioconducor パッケージにするといいと思う。

2008-02-11

2008-02-02

Biohackathon 2008 の開催のお知らせ

2008-02-11から15まで、東京で BioHackathon 2008 が開催されます。

screenshot

国内外から(1)バイオ系ウェブサービス提供サイト開発者、(2)Open Bio*開発者、(3)ワークフロー構築のためのクライアント開発者、(4)BioMOBY プロジェクト開発者が総勢 50 名ほど集まり、ライフサイエンスにおけるデータベースの相互接続性をたかめ、ワークフロー構築を容易にするための仕様策定や開発合宿(ハッカーソン)を行います。

初日(2/11)はアカデミーヒルズにてスタートアップのワークショップを行います。

ワークショップは、はじめにいくつかのプレゼンテーションがあり、その後にオープンスペース形式で行います。いまのところ予定されているトピックは次の通りです。

  1. サービス提供者(ServiceProvider_workgroup)
  2. Open Bio*(OpenBio_workgroup)
  3. ワークフロークライアント(Workflow_workgroup)
  4. BioMOBY(BioMOBY_workgroup)
  5. 交換形式(Exchangeformat_workgroup)
  6. セマンティックウェブ(Semanticweb_workgroup)
  7. 系統解析ウェブサービス(PhyloWS_workgroup)

二日目以降(2/12-15)はお台場の産総研 CBRC にて、前日のワークショップできまったワークグループにわかれて開発をすすめます。

主催者側の参加者として、同時に BioRuby の中の人として参加します。BioRuby としては BioMOBY の対応と各種ウェブサービスのクライアントの実装をすすめる予定です。ウェブサービスへの興味としては、RESTful ウェブサービスの可能性を議論してみたいです。

なお、BioHackathon 2008 の模様は Ustream.tv で中継する予定です。

2007-12-15

Ruby/Rails勉強会@関西-21にて「BioRubyと生命情報解析」の発表があります。

2007-12-25 に神戸大学で開催されるRuby/Rails勉強会@関西-21にて、BioRuby開発者の後藤さんによる「BioRubyと生命情報解析」の発表があるそうです。

screenshot

BioRubyと生命情報解析」 by ngoto さん

概要

BioRubyバイオインフォマティクス(生物情報学)の解析を支援 するライブラリです。最近の開発状況と、BioRubyを使った遺伝子 やゲノムの解析について発表したいと思います。

http://jp.rubyist.net/?KansaiWorkshop21

BioRuby 1.2.0 released

BioRuby 1.2.0 がリリースされました。ChengeLog はこちらです。

3つの方法でインストールができます。

主な変更点はつぎのとおりです。

  1. BioRuby shell の改善
  2. Bio::Blast の修正
  3. Bio::PubMed の改善
  4. Bio::FlatFile の改善。MEDLINEフォーマットが扱えるようになりました。
  5. Bio::KEDD::COMPOUND の改善
  6. Bio::KEGG::APIの修正
  7. Bio::FlatFileIndex の修正
  8. Bio::Newick の修正

このほかいろいろバグフィックスがあります。

2007-04-11

BioRuby Rails Plugins Project を RubyForge.org ではじめました。

Bioinformatics や生物学のためのアプリケーションにつかえる Ruby on Rails プラグインのための公開SubversionレポジトリーをRubyForge.orgではじめました。BioRuby Rails Plugins です。

screenshot

そこで、いままで Rails アプリとして作っていた UniProt on ActiveRecord と GO Database on ActiveRecord をプラグイン化して公開しました。

script/plugin の source に BioRuby Rails Plugins の Subversion レポジトリを追加すると、uniprot や go_database といったプライグインがインストールできるようになります。

% script/plugin source svn://rubyforge.org/var/svn/bioruby-annex/rails/plugins/
% script/plugin list

このSubversionレポジトリに興味がある方は、RubyForge.orgのユーザ名を連絡していただければ、Developerとして登録いたします。

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