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2005-05-13

[]Newick書式から系統樹を描く


系統樹を描くための情報は

((hap1:1.5,hap3:1.5):1.5,(hap2:0.5,(hap0:2.33333333333333,hap4:0.666666666666667):1.5):0);

のような書式に盛り込むことがある。これをNewick書式と言う。

この書式を読んで系統樹を描くアプリケーションはフリーのものもある(TreeViewなど)が、自作のプログラムに組み込むのには向かない。

フリーの統計ソフト「R」にてNewick書式がハンドリングでき、系統図が描けるので、その設定について備忘録として残す。

Rのパッケージ ape をインストールする。

>library(ape) にて読み込む。

apeに含まれる関数 read.treeにて、Newick書式が書かれたテキストファイル"hogenewick.txt"を読み込む

>read.tree(file="hogenewick.txt")

※ワーキングディレクトリにファイルを置いていなければ、ファイルにパスを通す必要がある

これによって、phyloというオブジェクトに取り込まれたので、ハンドリング可能である。

系統樹を描くには

>plot(read.tree(file="hogenewick.txt"))

とすればOK。

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