メタアナリシス - ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ

Rを用いてメタアナリシスをしてみよう。Rのバージョンは少し古いが・・・

実行手順マニュアルは理研遺伝子多型研究センター関節リウマチチームのホームページのこちら

RのWikiにもリンクを張ろうと思ったら、すでにどなたかによってリンクが張られていました(Rでメタアナリシス)

Rのrmetaパッケージを使ってMantel-Haenszel法の実行とその結果とplotを得る関数



dormeta<-function(file){

library(rmeta);

outobj<-read.table(file,header=TRUE);

outobjMH<-meta.MH(n.case,n.ctrl,sus.case,sus.ctrl,data=outobj,names=study);
plot(outobjMH);

return (outobjMH);

}

パッケージrmetaはあらかじめインストールされているものとし、この関数の実施にあたっては、rmetaの読み込みを関数にさせている。もし、繰り返し実行するなどの理由でrmetaの読み込み（"library(rmeta)")を最初に行い、その上で、rmetaの関数のみを使う場合には、上記の関数のうち、"library(rmeta)"の行を削除したものを用いる。

引数"file"は文字列で、ローカルのテキストファイルを読み込ませる。

たとえば、"C:\Program Files\R\R-2.2.0\data.txt"というファイルが入力ファイルであり、実行ディレクトリが"C:\Program Files\R\R-2.2.0"となっていたとすると

実行コマンドは



datafile<-"./data.txt"

outObj<-dormeta(datafile)

である。GUIでRを実行している場合には、添付のようなプロット図が立ち上がるはずである

なお、入力ファイルはタブ区切りのテキストでカラムとして、study n.case n.ctrl sus.case sus.ctrl の５カラムを含むものとする。それ以外に任意のカラムがあっても問題ない。個々のスタディは２ｘ２分割表検定をしているものとし、"study"は個々のスタディを識別する名称、"n.case"は、ケース群のサンプル数、"n.ctrl"は、コントロール群のサンプル数、"sus.case"はケース群の感受性アレル数、"sus.ctrl"はコントロール群の感受性アレル数のカラムとする。

入力ファイルのサンプルは以下のとおり



study	SNP	n.case	n.ctrl	sus.case	sus.ctrl

Suzuki	104	1466	1470	575	486

Barton	104	1678	962	578	303

Ikari	104	2388	1878	921	640