ryamadaの遺伝学・遺伝統計学メモ このページをアンテナに追加 RSSフィード

数学・コンピュータ関連の姉妹ブログ『ryamadaのコンピュータ・数学メモ』
京都大学大学院医学研究科ゲノム医学センター統計遺伝学分野のWiki
講義・スライド
医学生物学と数学とプログラミングの三重学習を狙う学習ツール
駆け足で読む○○シリーズ
ぱらぱらめくるシリーズ
カシオの計算機
オンライン整数列大辞典

2011-08-27 GEO(Gene Expression Omnibus)とRのGEOquery

{R][マイクロアレイ][Gene Expression Omnibus]GEOquery

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GEOquery")
library(Biobase)
library(GEOquery)
  • 何のデータを?
    • こちらの検索画面で"Rheumatoid arthritis"で検索したとすると
    • "GDS3628 Rheumatoid arthritis and response to anti-TNF alpha therapy: blood"のようなものなどがひっかかる
  • 試みに、これをgetGEO()してみる
gds3628 <- getGEO('GDS3628', destdir=".")
  • 生データの中身を見てみる
Table(gds3628)[1:10,1:6]

スパム対策のためのダミーです。もし見えても何も入力しないでください
ゲスト


画像認証

トラックバック - http://d.hatena.ne.jp/ryamada22/20110827/1314180205