HWDもLDも、ＳＮＰペアのジェノタイプの分布に従属性を発生させる要因である。 LDは、１パラメタにて９ジェノタイプ全体に及ぶ依存関係を発生させる。 HWDは、階層構造をなしており、個々のＳＮＰについてヘテロとホモとの間のＨＷＥからの乖離として定めら…

３次元空間中に２つの面を定める。今、この３次元空間のあるベクトルを基準として、それと角をなすベクトルを法線ベクトルとし、この３次元空間の原点を通る平面 上の点はとの２ベクトルの線形和として表される。の内積はいずれも０であり、そのノルムはそれ…

LEのときの頻度とLDのときの頻度の差をとし、LDのときのハプロタイプ頻度を次のように表すと、９ジェノタイプの乖離は

HWDもLDも、ＳＮＰペアのジェノタイプの分布に従属性を発生させる要因である。 LDは、１パラメタにて９ジェノタイプ全体に及ぶ依存関係を発生させる。 HWDは、階層構造をなしており、個々のＳＮＰについてヘテロとホモとの間のＨＷＥからの乖離として定めら…

今、２ｘ２分割表があり、サンプル総数を、縦軸の比率が、横軸のそれがとする。また、２ｘ２のセルの観測値をとする。 である。自由度１のカイ自乗分布において、そのとなる確率密度は、で与えられる。 一方、このテーブルの正確生起確率はで与えられる。 こ…

この記事の続き。 n等分したいと同時にm等分したい。にしつつ、にするということ。 次元のうち、次元の方でとし、次元の方でにする。次元のうちの、低次元分割にて、「均等割り」が達成されており、両者は相互に独立している。 これらを連結したときに、「均…

for は、n次元格子ベクトルのうちの１つ、の成分しかない。,は、の成分を持つ。したがって、とそれ以外のベクトルとの内積はとなる。今、どちらのベクトルも単位ベクトルであるから、これは、ベクトルのなす角度についてと等しい。n+1本のベクトルは、相互に…

この記事の続き。式を整理する。 , , ただし、とする たしかめエクセル ちょっと書き換えて , さらにjavaで確かめてみよう public static double[][] eqdiv(int n){ double[][] ret = new double[n][n-1]; for(int i=0;i

胞体 ２次元空間(平面)を３等分するには、三菱のマークの仕切りを入れればよい。 この仕切りの向きの３個の単位ベクトルをと表すことにしよう。 定義より、 n次元空間に拡張する n次元空間をn+1等分するようなn+1個の単位ベクトルはと表される。 n次元ユーク…

イラストレーターは非常に機能が豊富で、なんでもできる・・・けれど、知らない機能が多すぎて、しかもその機能にたどり着けない。 作図用アプリケーションだけあって、文字入力についても、作図的配慮が前面にあって、いわゆる、ワードプロセッサ的な基本処…

たくさんのマーカーで関連検定を行うと、たくさんのｐ値が出る。今、が出て、ゲノムワイドスキャンの文脈でも、有意な関連であるとみなされたとする。 言い換えると、ゲノムワイドスキャンの文脈では(マルチプルテスティング補正後のｐ値が、通常のα閾値をク…

ホモ a ヘテロ b 逆ホモ c () アレル頻度r

自己組織化写像 Self-organizing map Affnity propagation によるクラスタリング JPEGファイルの非可逆圧縮による圧縮率