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2008-03-04 統計計算式をjavascriptで確認

[][]JavaScriptで統計計算

級内相関係数についての調べものをしていたら、

こんなサイトがありました。

html文書のソースを開くと式もわかります。

2008-02-10 ケースコントロールジェノタイプ頻度簡易計算

[]有病率・ジェノタイプ頻度・相対危険度からフェノタイプ別頻度

今、ある集団でSNPの3ジェノタイプの頻度がgen={g1,g2,g3}であり、あるフェノタイプの有病率がprevであり、3ジェノタイプの相対危険度がweight={w1,w2,w3}であるとすると、ケース群とコントロール群のジェノタイプ頻度は次のソースで得られる。これは、エクセルファイルだと、ここからたどる、こちら

	public static double[][] GenFreq(double[] gen,double[] weight,double prev){
		double [][] ret = new double[2][3];
		double sumaffected = 0;
		for(int i=0;i<gen.length;i++){
			sumaffected += gen[i]*weight[i];
		}
		for(int i=0;i<ret[0].length;i++){
			ret[0][i]=gen[i]*weight[i]*prev/sumaffected;
			ret[1][i]=gen[i]-ret[0][i];
			ret[0][i]/=prev;
			ret[1][i]/=(1-prev);
		}
		
		return ret;
	}

2006-09-14

[]MSWordに気軽にグラフ


ちょっとした文書にグラフを描きたいことは多いですが、こんなツールを見つけました(リンク)

2005-12-30

[][]UCSC Genome Browserへリンクしてゲノムデータを管理してみる


自己ゲノムデータをパブリックゲノムデータとリンクしてブラウズしたりするには、Generic Genome Browser GBrowse(こちら)などを利用することも可能だが、より簡便には、UCSC BioinformaticsグループのGenome Browser(サイトはこちら)のカスタムトラック機能でも実現可能である

  • 利用の仕方
    • サイトへ行く
    • add your own custom tracks ボタンを押す
    • 現れたページから自データをアップする。以下にその方法を簡単に記す

  • 自データトラックの追加・表示
    • 簡便には
      • 自データの準備

browser hide all
chr1 10000000 10004000 item1 960 
chr1 10002000 10006000 item2 200 
chr5 10005000 10009000 item3 700 
chr6 10006000 10010000 item4 600
chr7 10011000 10015000 item5 300
chr8 10013000 10017000 item6 100 
chr22 10000000 10004000 item7 960 
chr22 10002000 10006000 item8 200 
chr22 10005000 10009000 item9 700 
chr22 10006000 10010000 item10 600
chr22 10011000 10015000 item11 300
chr22 10013000 10017000 item12 100 

        • このデータは染色体1,5,6,7,8,22にある全12アイテムの情報である。始点と終点が塩基番号で記されている。各行の右端は"スコア"であるが、どんな値を入れてもよい。表示上の条件の一つ。このほかにも線分の与え方にいくつかの方法があり、それぞれに書式と表示方式の対応がある。より詳しくは、UCSC genome browserのページから。
      • 自データの入力
        • 上記データをページのテキストボックスにそのままペーストし、submitボタンを押すか、ローカルにファイル保存して、参照ボタン経由でパスを指定し、submitするかのいずれかである。
        • 自データが取り込まれて表示されたので、あとは、ブラウザの機能を使ってブラウズする
    • 自データにさまざまな情報を付加する場合
      • 自データの準備
        • 詳細データを別ファイルで準備し、そのファイルへのリンクを張る
        • 参照ファイルのurlを指定する行が増えただけである
        • 参照ファイルはhtmlファイルで、httpサービスをしているマシンに置けばよい。今回の例では"http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/ra/GBrowseDataPub/info4testRY2.html"というファイルが該当ディレクトリに置かれている。その後に続く"#$$"は、各itemからのリンクをファイル内の特定の位置にとるための記法である

browser hide all
track name=clones description="testRY" visibility=2 color=0,128,0 useScore=1 url="http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/ra/GBrowseDataPub/info4testRY2.html#$$"
chr1 10000000 10004000 item1 960 
chr1 10002000 10006000 item2 200 
chr5 10005000 10009000 item3 700 
chr6 10006000 10010000 item4 600
chr7 10011000 10015000 item5 300
chr8 10013000 10017000 item6 100 
chr22 10000000 10004000 item7 960 
chr22 10002000 10006000 item8 200 
chr22 10005000 10009000 item9 700 
chr22 10006000 10010000 item10 600
chr22 10011000 10015000 item11 300
chr22 10013000 10017000 item12 100 

      • 自データの入力
        • 上記内容をテキストボックスにペーストしてsubmitするか、ファイル保存して、パスを与えるかのいずれかの方法がある
        • また、上記ファイルをhttpサーバに置いて、そのurlをテキストボックスにペーストしてsubmitすることも可能である。上記ファイルは "http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/ra/GBrowseDataPub/testRY2.txt"においてあるので、このURLをペーストして実行しても同様の結果が得られる。
        • 今回は、表示されたカスタムトラック上の"itemX"をクリックすると現れるアイテムの情報ウィンドウ中にある"Outside Link"の部分がクリッカブルになっている。

<H1>Example of details page for custom annotation track</H1>

<P>Each NAME tag below corresponds to a <I>name</I>
attribute assigned to an individual feature in the annotation track file. When
Outside Link is clicked in the feature's details page, this file will display
the section with the corresponding NAME tag. 

<A NAME="item1"></A>
<H2>item1</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item1.
<BR>
<BR>Item: item1
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 1
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>Any info you can place here!
<A HREF="http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/ra/statgenet/index.html">link to RY's page</A>
<BR>

<A NAME="item2"></A>
<H2>item2</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item2.
<BR>
<BR>Item: item2
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 1
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<A HREF="http://www.genome.med.kyoto-u.ac.jp/cgi-bin/webpage/genome.cgi">link to genome center home page</A>
<BR>
<A NAME="item3"></A>
<H2>item3</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item3.
<BR>
<BR>Item: item3
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 5
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<A NAME="item4"></A>
<H2>item4</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item4.
<BR>
<BR>Item: item4
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 6
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<A NAME="item5"></A>
<H2>item5</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item5.
<BR>
<BR>Item: item5
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 7
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<A NAME="item6"></A>
<H2>item6</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item6.
<BR>
<BR>Item: item6
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 8
<BR>Band: ??
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<A NAME="item7"></A>
<H2>item7</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item7.
<BR>
<BR>Item: item7
<BR>Score: 960
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10000001
<BR>End in Chromosome: 10004000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<BR>
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
<BR>
<HR>
<A NAME="item8"></A>
<H2>item8</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item8.
<BR>
<BR>Item: item8
<BR>Score: 200
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10002001
<BR>End in Chromosome: 10006000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<BR>
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
<BR>
<HR>
<A NAME="item9"></A>
<H2>item9</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item9.
<BR>
<BR>Item: item9
<BR>Score: 700
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10005001
<BR>End in Chromosome: 1009000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<BR>
<BR>
<HR>
<A NAME="item10"></A>
<H2item10</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item10.
<BR>
<BR>Item: item10
<BR>Score: 600
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10006001
<BR>End in Chromosome: 10010000
<BR>Genomic Size: 5000
<BR>
<BR>
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
<BR>
<HR>
<A NAME="item11"></A>
<H2>item11</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item11.
<BR>
<BR>Item: item11
<BR>Score: 300
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10011001
<BR>End in Chromosome: 10015000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<BR>
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
<BR>
<HR>
<A NAME="item12"></A>
<H2>item12</H2>
<P>This is a section that provides additional information about item12.
<BR>
<BR>Item: item12
<BR>Score: 100
<BR>Chromosome: 22
<BR>Band: 22p13
<BR>Begin in Chromosome: 10013001
<BR>End in Chromosome: 10017000
<BR>Genomic Size: 4000
<BR>
<BR>
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
<HR>