Hatena::ブログ(Diary)

半径5メートル このページをアンテナに追加 RSSフィード

           なかのひと

About | Archive | Group | Haiku | Bookmark | Fotolife | Designset | この日記のはてなブックマーク数
 | 

2009年06月21日

[]BioRubyのseqがNoMethodError

私は全く門外漢ですが、友人がバイオインフォマティクスの研究などしていて「biorubyを使ってみたいけどよくわからない」という話になったので、入手してみて試してみようとしたところ

http://bioruby.org/archive/doc/Japanese/tutorial.html

上記の日本語版チュートリアルにある最初の例を実行してみるといきなりNoMethodError。

bioruby> dna = seq("atgcatgcaaaa")
NoMethodError: undefined method `seq' for main:Object
        from (irb):1
bioruby>

調べてみると以下のMLにある通り、メソッド名の仕様変更にドキュメントが追随できていないとのことで、seq、ent、objは全て頭にgetをつけるようにすれば問題ないようです。

http://lists.open-bio.org/pipermail/bioruby-ja/2009-February/000155.html

bioruby> dna = getseq("atgcatgcaaaa")
  ==> #<Bio::Sequence:0xb7b8f224 @moltype=Bio::Sequence::NA, @seq="atgcatgcaaaa">
bioruby>

全く分からない分野なので、内容を説明してもらいながら実行してみたりしてなかなか面白かったです。

bioruby> dna = getseq("atgc" * 10).randomize
  ==> "acatgagctgaggctacacaggttagttaccccatcggtt"
bioruby> doublehelix dna
     at
    c--g
   a---t
  t----a
 g----c
a---t
g--c
 cg
 at
c--g
t---a
 c----g
  c----g
   g---c
    a--t
     ta
     cg
    a--t
   c---g
  a----t
 g----c
g---c
t--a
 ta
 ta
c--g
a---t
 a----t
  t----a
   g---c
    g--c
     gc
  ==> "catcggtt"
bioruby>

スパム対策のためのダミーです。もし見えても何も入力しないでください
ゲスト


画像認証

トラックバック - http://d.hatena.ne.jp/srkzhr/20090621/1245565325
 |