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TRYal and error

2014-02-26

動画まとめ

aLeavesは最終確認をしてもらっているので上がりませんがもう全部できています。

Arabidopsis eFP Browser でシロイヌナズナの遺伝子発現情報を見る 統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
こっちは上がった

2014-02-18

aLeave MAFFT 3

苦情 要請が来たので修正しました。

系統樹推定についてよくわかっていなかったらしく、MAFFTサーバに渡してからの作業が結構適当だったようです。

BLASTで相同性検索をして取ってきたデータを元にして作ったtreeはguide treeというようで、これは系統樹とは言わないそうなんです。ここからマルチプルアラインメントを作成し、NJ法などの計算を経たものを系統樹と呼ぶらしいです。

そして撮り直しから編集まで一往終了しました。
h_onoさんにチェックしていただく動画が2つたまっているので早くあげたいです……。

あとJavaの調子が悪くて直すのに時間がかかりました。古いバージョンのJavaアンインストールしないと不具合が出るみたいです。他のPCでも確認したほうがいいかも。

2014-01-24

Arabidopsis eFP Browser 2

一通り編集も終わって原型ができてしまったのですが、h_onoさんが不在だったためうpは次回になりそうです。
ということでこのブラウザの特徴を言葉で書いていこうと思います。(前回消えたやつや)

遺伝子のIDを入力することで、その遺伝子発現量を見る。
・イラストに色がついた形で、見やすく表示される。
・発現量は、 "Data Source" をいじることで組織別、ステージ別、与えたストレス別、標準化方法別に見ることができる。
・"Mode"が3種類あり、 "Absolute" は絶対発現量を表示し、 "Relative" は最大の発現量の部分と最低の発現量の部分の間のグラデーションが赤から青まで最大のコントラストで変化するように倍率で表示し、"Compare"は2つの遺伝子IDを入力することによりその差を倍率で表示する。
・詳細に数値が知りたい場合は、データテーブルやチャート図を表示することもできる。

"Absolute" は標準化の方法が同じであれば他の "Data Source" と比べることもできるかもしれません。 "Relative" は全体的に発現量が高いとか、低いとか、差が見にくい場合や、foldの値をみたいときに用いると良いです。Compareが一番実用的で、ハウスキーピング遺伝子などと比較することにより、別の実験データとの比較もしやすくなります。

チケット発行者のiNutさんとお話もしました。

使う上での注意点は、目的の遺伝子IDがわかっていないといけないということです。例えば、「成形の葉で特異的に発現している遺伝子を探す」ということはできません。あくまで自分の知りたい遺伝子が分かっている状態で、その機能が不明なのであれば転写因子などと比較して目星をつける、あるいは他種の植物から採った自分の実験データをホモログのデータと照らし合わせるなどという使い方になるでしょうか。

2014-01-22

Arabidopsis eFP Browser 1

調査報告を書いていたのですがログアウトされて全部消えていたので面倒なので書きません。
チケットにある調査依頼はクリアしているので撮影しました。

追記
動画を撮り終わって2分ほど編集しました。

2013-12-25

aLeaves2

作った動画を確認していただいたところまた仕様が変わるらしくpendingらしいです。
緊急で作ってと言われたのに仕様変更を差し挟むとはなかなか気が利いていますね。

アップ出来たら載せられる予定だった文章でも貼っておきます。

aLeaves - first step to build zoologically informative phylogenetic treesは、 理化学研究所 多細胞システム形成研究センター(CDB)が提供する、分子系統解析ツールです。ある1つのアミノ酸配列を用意するだけで、類似タンパク質を生物種ごとに分けられた特定のデータベースからBLAST検索してmultifastaを作成、それをMAFFTというサーバに送ることで、系統樹作成、取捨選択、アラインメントという分子系統解析に必須な一連の作業を簡易に行うことができます。



ついでにArabidopsis eFP Browserの調査をはじめました。シロイヌナズナ遺伝子発現情報について組織ごとに大量にデータが纏められていて、なんかパッと見しょぼい絵に色を付けることで分かりやすくしています。トロント大が作ったようで、以前自分が解説動画を作ったGeneMANIAにリンクが貼られていました。

データの出自がバラバラなので(大量のデータなので当然ですあが)統一性がどうなんだろうと思ったりします。主な使い方としては自分の持っているサンプルとの比較に使うそうですが、未だにどういう研究するんだろうというのが判然としないのでどう解説を作ってよいか分かりません。如何せん調べられるものが多いツールなので全部紹介したら20分位になってしまいそう。省略できるところをどう省略するか考えていくことになりそうです。