唐辛子の発芽

今研究室の窓際で野菜を育てている．ハバネロ（コンビニで売っていたハバネロ栽培キット），コリアンダーはすでに本葉が出ているが，同時期に蒔いた唐辛子（WTNB先生にもらったもの）だけがなかなか芽が出なかった．しかし６月に入ってようやく芽が出てきた．ちゃんと実がなるといいな．

研究

研究室の共用Macがなかなか空かないので，HKD先生からの借り物Macで解析をすることにして，ソフトをインストールした．今共用Macを占有している人に対して，「自分のMacがある人は自分のでやればいいのに」などと思っていたのだが，よく考えると自分もiBookがあるんだった．とはいえ，このiBookはG3 600MHz，共用eMacはG4 1.25GHzなので，やはり共用eMacが使いたいなあ．それか思い切ってMac mini買ってしまうか．

速度比較

さて，MrModeltestの実行にはMacが必要だったが（Mac版のPAUP*しかないため），MrBayesによる実際の解析はMacでもWindowsでもUNIXでも行える．どのマシンで解析を行うか決めるために，速度の比較をしてみた．僕のデータファイルで10000世代の計算をさせた場合，

• iBook(G3 600MHz)： 609 seconds.
• Windows(Athlon XP 1800+): 182 seconds.
• FreeBSD(Pen4 2.4G): 151 seconds.

という結果になった．やはりCPUの速度に依存して速くなっている．しかしFreeBSDは研究室のウェブ＋メールサーバ．もしサーバの機能に影響なさそうだったら裏で計算させてやろう．
ところで，FreeBSDでmakeする際にエラーに遭遇した．

"Makefile", line 27: Missing dependency operator
(略)
"Makefile", line 70: Need an operator
make: fatal errors encountered -- cannot continue

makeではなくgmakeを使用することで回避できた．うちの/usr/bin/makeが何か変なんだろうか？ちなみにバージョンはFreeBSD 5.3-RELEASE-p15．

モデル選択

MrModeltestだとGTR+I+Gが選択される．しかしGTR+Site Specificの方がいいのか？10000世代目のLnLはGTR+I+Gが-5665.719，GTR+SSが-6139.637なので，GTR+I+Gの方がよいらしい．あるいはSite-Specific Rateなモデルも含めたモデル選択というのをやるべきなのか？この辺は明日にしよう．