化合物が流れる動画 (1)

PyMOL

ひょんなことから、
「科学・技術フェスタ in 京都2011」の出展資料を準備することになりました。

研究室のボスによると、
「くすりがタンパク質に結合する様子を動画で示したい」
とのこと。いま、PyMOLという立体構造表示ソフトで動画を作成しているところです。


簡単に足あとを残しておきます。

  1. PDBで結晶構造を探す( http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=2ITY )
    • ページ右上の「Download Files」から、タンパク質のPDBファイルをダウンロード
    • ページ中ほどの「Ligand Chemical Component」から、リガンドのSDファイルをダウンロード
  2. リガンドのxyz座標を少しずつ移動させながら、ひとつのSDファイルに出力
  3. PyMOLでPDBファイルと上記SDファイルを開き、再生ボタンをクリック
    • 化学構造を順番に表示する → 動いているように見える

という流れです。
落ち着いたときに、プログラムや動画も併せて更新しようと思います。