Node.jsのjQueryでTypeErrorが出た場合の解決方法

ローカルではMacで開発していまして、CentOSにデプロイした際に以下のエラーが出てjQueryが動きませんでした。

TypeError: Cannot read property 'prototype' of undefined

node_modules自体を削除し、npm installで再インストールしてみましたが、変化無し。

調べてみると、GitHubに似た状態の報告がありました。が、node自体のバージョンアップで解決したという内容と、Windows上では最新版（v0.8.8）でも解決していない報告もあり、イマイチ解決方法が分かりません。実際にv0.8.6からv0.8.8へアップデートしてみましたが、症状は解決できませんでした。
nodeのバージョンではない、と当たりをつけて、モジュールに絞って調べてみると、プロジェクト・モジュールの依存関係を調べるコマンドが見つかりました。

$ npm ls
npm WARN package.json project1@0.0.1 No README.md file found!
project1@0.0.1/Users/****/Sites/****
├── easyimage@0.1.3
├─┬ jquery@1.7.3
│ ├── htmlparser@1.7.6
│ ├─┬ jsdom@0.2.15
│ │ ├─┬ contextify@0.1.3
│ │ │ └── bindings@1.0.0
│ │ ├── cssom@0.2.5
│ │ └─┬ request@2.11.1
│ │   ├─┬ form-data@0.0.3
│ │   │ ├── async@0.1.9
│ │   │ └─┬ combined-stream@0.0.3
│ │   │   └── delayed-stream@0.0.5
│ │   └── mime@1.2.7
│ ├── location@0.0.1
│ ├── navigator@1.0.1
│ └── xmlhttprequest@1.4.2
└─┬ socket.io@0.9.10
  ├── policyfile@0.0.4
  ├─┬ redis@0.7.2
  │ └── hiredis@0.1.14
  └─┬ socket.io-client@0.9.10
    ├─┬ active-x-obfuscator@0.0.1
    │ └── zeparser@0.0.5
    ├── uglify-js@1.2.5
    ├─┬ ws@0.4.21
    │ ├── commander@0.6.1
    │ ├── options@0.0.3
    │ └── tinycolor@0.0.1
    └── xmlhttprequest@1.4.2

ツリー状に各モジュールが表示されます。これをサーバ側のものと比較してみると、バージョンが微妙に異なりました。具体的にはhtmlparserのバージョンが低い。更にhtmlparserディレクトリで確認してみると「UNMET DEPENDENCY」という見慣れぬ表示が。
「依存関係を満たしていない」
というわけです。という事で、jQueryのpackage.jsonを修正し、htmlparserを1.7.6に固定、npm installをしたところ、無事エラーが出なくなりました。（この辺のログをちゃんと残していませんでした）

{
  "name": "jquery",
...
  "dependencies": {
    "jsdom": "~0.2.14",
    "htmlparser": "1.7.6",
    "xmlhttprequest": "~1.4.2",
    "location": "0.0.1",
    "navigator": "~1.0.1"
  },
...
}

ただ、モジュールの中を修正してしまったので、後々問題になりそうではあります。