「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」東京電機大学出版局(2007)
オープンバイオ研究会編。片山俊明、荒川和晴、二階堂愛、荻島創一、田中伸也、中尾光輝著。2008/2/27発売。
配列解析からバクテリアゲノム解析、遺伝子発現解析、遺伝子ネットワーク解析、ケモインフォマティクスまでを、Intel CPUを搭載したWindows PCかMacと本書があれば、本書に付録のバイオインフォマティクス向けLive DVD LinuxであるKNOBで実習を自習しながら学ぶことができる。
本書の特徴として
- 本書とコンピュータがあれば,一歩進んだバイオインフォマティクスを一人で学ぶことができます。
- 塩基・核酸配列,ゲノム,マイクロアレイ,遺伝子ネットワーク,リガンドの各解析が体験できます。
- 全編が生物学的なストーリーに沿って構成されており,研究方針や問題解決方法を体得できます。
- 肥満や糖尿病に関わる核内受容体PPAR-γと関連遺伝子に焦点をあてて,実践的かつ具体的な操作手順を説明します。
- 薬剤や環境ホルモンの解析に威力を発揮するケモインフォマティクスまで身につけることができます。
- DVDから再起動するだけでLinux環境KNOBが利用でき,面倒なセットアップやインストールは一切不要です。
- KNOBには,研究に必要な解析ソフトに加え,本書で使用するプログラムやサンプルデータが収められています。
- KNOB終了後は完全に元のPC環境に戻るため,大学や企業の講習会など原状復帰を要求される場でも重宝します。
- KNOBの中身は全てフリーソフトですから,公的な機関はもとより,製薬会社などの一般企業でも使用できます。
- UNIX (Linux) の操作方法やコマンド, プログラミングを付録でやさしく解説しました。
- UNIXとオープンバイオのツールを使いこなせるようになれば,今後の研究にとても有用です。
- 簡単なプログラミングを身につけることで,自分の目的にカスタマイズした解析を行うことができます。
- 本書は,ツール開発者本人たちによって書かれたオリジナル本です。
- 伝説のゲノム・シューティングゲーム「g2s」も収録されています。
が挙げられます。
大学での講義・実習テキストとして用いられることも想定して執筆されている。