九龍江口や廈門湾口を望む大金門島、小金門島および大胆島や二胆島など12個の島から構成される。総面積は150.3397平方キロメートルである(代理管轄の烏坵郷を含まず)。中華人民共和国側の厦門市とは海を隔てて接する。中華人民共和国支配地域とは最小2.1kmしか離れておらず、国共内戦期間中は最前線となった。
右の地図で見える台湾海峡にある群島は澎湖諸島である。金門は亜熱帯海洋性気候に属し、4月から9月にかけてが最も降水量が多い。年間平均降水量は1,049.4ミリ。年間平均気温は20.9℃である。地質は花崗岩が主体であり、農業には適していない。