アトラス(ATLUS)より2013年6月27日に発売されたニンテンドー3DS用3DダンジョンRPG。
『世界樹の迷宮』第1作のシナリオを再構築したリメイク作品。これまでの作品とは異なり、固定されたパーティーキャラクターで冒険をするのが特徴。各キャラクターは、個性とキャラクターボイスが与えられている。
「エトリア周辺の怪異を調査してほしい」という依頼を受けた主人公が、記憶を失った少女「フレドリカ・アーヴィング」と出会い、3人の仲間と未知の遺跡や世界樹を探索していく。物語の謎や世界樹の秘密を解明するような新ストーリーも追加されている。
パーティーメンバーはそれぞれ特定の職業に就いているが、別の職業のスキルが宿った“グリモア”と呼ばれる石を装備することで、より多様なスキルが使用可能になる。
これまでのシリーズと同様のキャラクターメイキング、パーティー編成が出来る「クラシックモード」も搭載されている。
BGMは古代祐三が手がけており、生演奏とFM音源をいつでも切り換えることができる。難易度も「Picnic」「Standard」「Expert」の3段階あり、ゲーム中に自由に変更可能となっている。
ニンテンドー3DSソフト「 新 ・ 世界樹の迷宮 ミレニアムの少女 」 オリジナル・サウンドトラック